まず、示して頂いたストーリーは第１章ですよね？

ならば、主人公とヒロインがかかえる問題点をすべて解決する必要はないわけです。……と言うか、むしろここで全部解決してしまってはまずいです。

そこをまずはっきりと押さえた上で、主人公とヒロイン、それぞれの欠点と長所を整理しなおしてみるといいです。

（１）
示して頂いた構想では、第１章の中で二人は一度決別し、再び関係を修復するという流れです。おそらくこれが第１章での「本筋」になると考えられます。なので、これを軸にして「起承転結」を意識します。二人の和解がひとまずのハッピーエンドです。

（２）
１の前提がありますから、二人の欠点と長所は、二人が衝突する原因にも和解する原因にもなるような組み合わせがよいですよね？

Ａ）二人の欠点と長所は、基本的には相性がよい。

Ｂ）しかし、部分的には衝突する要因になる。

こういう感じなのが理想です。

Ａについては、言葉を変えれば二人は互いの欠点を補いあう関係にあるということです。
これについては、スレ主様の構想の中である程度できているようです。

＞「強いけど血の気の多いのが欠点の主人公と、それを諫める実力的にも精神的にも成長していくヒロイン」

これはおおむねＡに当てはまりますから、この部分の考え方は間違っていないでしょう。

大事なのは、これと矛盾せずに二人が衝突する要因をどう抽出するかです。

（３）

ヒロインが最初に主人公を見限った理由は、

＞２　主人公は活躍するのに条件が必要な職業で本人はその条件を満たしているが、ヒロインは初心者故にそれをわかっていない

＞３　ヒロインは他のお手軽テンプレPTに誘われ、そのままそちらに移ってしまう

これでかまわないと思います。

しかし、それはあくまでも表面的な理由で、この時点では二人とも本質に気づいていません。

主人公は強くていいやつだけど、血の気が多くて短慮。また、自分の真意を説明するのがヘタ。

ヒロインは冷静で素質は有能だけれど、それだけに主人公の短慮に批判的だし、最初の段階では経験不足・知識不足のために、主人公の真価が見えていない。

主人公は主人公でヒロインの初心者ゆえの危なっかしさが見えるので、ハラハラもするし心配もする。しかし、短慮ゆえについ怒鳴りつけるような言い方をしてしまう。

こんな調子で、初期の二人はお互いの悪いところばかり見えてしまい、誤解からすれ違ってしまう。

……例えばこんな感じです。
そして何か決定的に衝突したタイミングで、

＞３　ヒロインは他のお手軽テンプレPTに誘われ、そのままそちらに移ってしまう

ということになります。

繰り返しますが、これは表面的な理由で、本当の理由はヒロインが主人公を誤解している「何か」です。
「何か」の内容はエピソードをからめて適当に作ればいいです。ポイントは、この時点ではヒロイン自身は気づいていないこと。それと、読者には何となくでいいから伝えておくことです。
これが第１章での重要な伏線になるわけですね。で、この伏線は第１章のラストで回収してしまいます。これが、第１章にも「起承転結」をつけるということです。

（４）
後は、いくつかの戦いの経験を通して、二人にお互いの真価に気づかせればいいわけです。

ただし、第１章のラストでは、二人は完全に和解したり理解しあったりしなくてもいいと思います。最初に主人公に反発したのは誤解もあったのだと気づき、少なくとも「お手軽テンプレPT」よりはマシだと思うようになればいいです。

二人が信頼を深め、成長していくプロセスは、第２章以降にゆだねる方がむしろ良策だと思います。

（５）
残る問題は、この第１章での主人公の方の扱いですね。上記のことだけ考えて作ると、ヘタすると主人公が空気になります。主筋が完全にヒロインの成長に寄っているからです。

考え方は二つ。

一つは、この第１章で主人公も何らかの成長をすることにします。
ただ、それだとストーリーがややこしくなる恐れがあるので、第１章にかぎってはヒロインの成長に集中する方が話を組み立てやすいかもしれませんね。

そこでもう一つの考え方は、第１章はヒロインの成長にしぼるとして、主人公の成長は第２章以降にゆだねるか、です。それも、ありかなと。

この二人はお互いに欠点を補いあう関係なので、全体の流れの中でヒロインが成長する回もあり、主人公が成長する回もあるという感じでいいのかもしれません。

ただ、それにしても第１章で主人公が空気になってしまうのはマズイです。

なので、第２章以降で主人公をどう目立たせるかは考えておいて、第１章ではその伏線だけはしっかり入れておくと良いと思います。