＞主人公の凶暴性は普段の態度には現れず～
＞はい、その様な第1章にしたいのですが、

それ、「諌める」じゃなくて「鎮める・静める」じゃない？
暴力的な主人公に諫言するヒロインにしたい、って考えてるのかと思った。
ようは、主人公が暴走した時のストッパーになれるヒロインです、ってこと？

＞ヒロインを表面上は許しても「こいつは裏切るやつだ」と言う認識をしてしまうであろうキャラです。
キャラ設定を成立させるために考えすぎて柔軟性がなくなってる人によくある悩みだと感じます。
この時点で「主人公は自分のことしか考えてない」って事がわかるでしょうか？
作者が「主人公はこういうキャラだから」と主人公の事しか考えてないためですね。
３でヒロインに見捨てられたのは、自分が原因だった。と主人公が考えられる展開にしてやれば、その「表面上は許しても～」という感情の矛先は主人公自身になるので、ヒロインに対しては許すも許さないもない。むしろヒロインに許しを請う立場。
そこまで行かなくとも、「自分にも原因があった」と反省できれば一方的にヒロインに悪感情は持たないでしょう。
ヒロインを思いやる気持ち、それが無かったから３で喧嘩別れしたんだ、と反省する心を描写してやれば主人公に関しては解決するのでは。

＞最後の「ヒロインが活躍してend」に至っては一応のオチを付けただけで具体的にどう活躍するのかも考えていません。
一応のオチと書かれているけど、良い方向性だと思います。
というのも、
＞＞「そういう関係性になるまでの二人の出会いの物語」ってコンセプトなら
＞はい、その様な第1章にしたいのですが
とあるので、要するに「そういう関係性になった」というのがこの話のオチになるため。
だから、そうなると「血の気が多い主人公と、諌める（静める？）ヒロイン」の図をここに持ってこなきゃ。
てことは、「ヒロインの活躍」それ自体はヒロインの成長描写のため必要だし良いと思うけど、そこから一捻りして
「ヒロインが活躍する」「敵を倒せそうになるも一気に形勢逆転しピンチになる」「主人公が暴走して敵を倒す」「その主人公を静めるヒロイン」
とか、端的に見せたい絵をここに作るべきかなと思う。
二人の関係性がまだ正確に伝わってきてないため、この例は適当だけども。

それで少し話は戻って
＞ヒロインを表面上は許しても「こいつは裏切るやつだ」と言う認識をしてしまうであろうキャラです。
ここだけど、
「金魚のフン」状態よりもむしろ、「そんな風に思ってる主人公がヒロインの言葉を聞いて素直に静まる」という事のほうがおかしいので、「主人公が静まるに足る要素」を何か用意しとくべきかもしれませんね。
例えば「これを言えば主人公が躊躇する何か（トラウマ・性格的弱点など）」とか。
主人公が暴走して大切な人を傷つけたってエピソードがあれば、ヒロインはそれを口にすりゃいい。
で、これは一例でしかないけど、その場合、主人公にとってヒロインは「トラウマ状態から助け出してくれた人」になるので、この時点でようやく「心からヒロインを信頼できると感じる」って展開にできる。
終盤で全て回収できるんじゃないかなと。