再度の返信、ありがとうございます。
＞なんだかＰＴと言うより使い魔とかサーヴァントとか、そんな感じがしたのですが、合っていますか？
そういう設定的な物は無いですが、主人公はヒロインを自分の上司か、ともすればお姫様かのように認識しています。初期のプロットではなんか街の危機みたいな事件があって、主人公の力を借りるために念願の装備を買う為に貯めていた金をはたいて主人公を雇い、主人公は事件を解決した後も「だって私を雇ったでしょう。期限とか特に設定せずに」と言って仲間になるという展開だったため、それの名残ですね。

＞これがどうも結びつきません。
真っ当にそのまま一緒に冒険してれば主人公はヒロインに懐いて勝手に
＞ヒロインが誰々の首を取ってこい、と言ったら翌日の朝にはそいつの首をヒロインの枕元に置いておく様なキャラ
になる筈だったんですよ。
それが今回問題にした部分で「あんなに綺麗事を言っていたのに、いざとなったら自分の利益で組んでいた仲間を見限るんだ、ふーん。そうかそうか、君はそういう奴だったんだな」と失望してしまい、ヒロインを表面上は許しても「こいつは裏切るやつだ」と言う認識をしてしまう感じですね。
今回問題にした部分自体は結構面白い展開（と自分では思う）けど、そこから派生する展開が最終的に自分の望むエンディング（今回は主人公がヒロインを実力のたりない初心者ではなくこの人に着いていきたいと思わせる人間だと認める）に行きつきそうにないなあ、という悩みです。
できればそれを払拭するような心意気をヒロインが見せる様な展開にして、「このヒロインは中盤あんな事をしたけど、それを補って余りある魅力がある！」と言う様にしたかったんですけど、それはいくら何でも高望みですかね？