先の書き込みでは例だけ書いて投げっぱなしにしてしまったので、少し説明を試みます。
スレ主様の意図と違う内容だったら生暖かくスルーしておいてください。再訪になりますから、そちらから特に何かなければレスは不要です。

＞人に理解できない要素、支離滅裂なこと

そういう様子を描けば人間と異質であることは読者に伝わるでしょうが、「人知を超える存在」とうよりも「単に変なやつ」になってしまう可能性が高いと思うんですよ。
なので、ストーリーの前半では「なんか、変なやつだなあ」と思わせておいて、後半でそれをもう一度ひっくり返す何かが必要なんじゃないかなと。
しかし、ひっくり返すと言っても「最初は変なやつに見えたけれど、だんだん気持ちが理解できるようになり、ラストでは心が通じ合う」というようなよくある方法はたぶん使えないんですね。それだと「人知を超える存在」とは逆方向の演出になってしまうので。

人知を超える存在の「人間臭さ」を見せてギャップ萌えみたいな効果を狙う手もなくはないと思いますが。

それでよければ簡単なのですが、スレ主様の方針としては最後まで人間臭さとは無縁の「超然とした雰囲気」を保ちたいということなんじゃないかなと推測しました。（ここが間違っていたら、私の意見は完全スルー推奨です）

一応そういうことなのだとしたら、「人知を超える存在」と「恋愛・友情要素」はかなりトレードオフの関係（Ａを立てるとＢが成立しなくなり、Ｂを立てるとＡが成立しなくなる関係）になってしまっている可能性があります。恋愛にしろ友情にしろ、心が通い合うプロセスを描くのが効果的だと思うからです。「異質感」と「同質感」の関係と言えば、何が言いたいか理解していただけるでしょうか？

しかし私見では、そういうアクセルとブレーキを同時に踏むような難しい狙いを何とかできるのが、小説の強みだと考えています。ストーリーには時間の経過による落差や変遷を盛り込むことができるからです。

なので、前半では「変なやつだなあ」（異質感）と思わせておいて、後半で「同質感」とは別の方向で印象を好転させる。そういう方向で作戦を考えるのがいいんじゃないかなと。で、その別の方向とは、「人間の能力を超える何かを感じさせる」演出になります。

良い例が咄嗟に思いつきませんが、まあ例えば。

１）神仙キャラの奇行としか思えないような言動を見せる。
２）主人公や他の周囲のキャラが怒ったり振り回されたりするが、神仙キャラは涼しい顔をしている。（誤解されても弁解せず、まったく気にならない様子）
３）後になって、神仙キャラの行動がなければ主人公は事故死していたことが判明する。しかし、神仙がそのことを予測できた合理的な理由が見当たらず、予知能力か、世界の事象を大きく俯瞰する視点を備えているとしか考えられない。
４）主人公は神仙に救われたことを悟り、感謝するとか見直すとかの態度をとるが、神仙は「いや、別に。それが何か？」という顔をしている。

こんな感じとかでしょうか？

で、２の部分で、誤解されたり非難されたりしたときの神仙のリアクションなどが重要だと思うんですね。人間のキャラだったらこういうシーンで人間性を描いていくものなのだろうと思いますが、「人知を超えた存在」を描くなら逆に人間性が分からなくなってしまうような演出を考えるのがいいのかなと。

そういう感じで、ストーリーのラストまで含めてそのキャラに対し読者にどんな印象を与えたいのかという狙いを意識して、各シーンでの描き方を慎重に選択し、積みかせねていくということだと思います。