「そのキャラクターが人気を得ると、面白くなるのですか？」

　人気や不人気は、結果に対する"評価"です。
　キャラクターの人気が出ないということはそのような行動、言動するキャラクターだったと言い換えられます。もしかすると表現内容がそうなのかもしれません。
　無論、評価の観点は作者側、読者側で違いがあるので、作者がこの程度人気が出るのだろうという評価も、読者からしたら違う評価を下すかもしれません。

　あなたがとあるキャラクターに人気を与えたいという場合、作品そのものを変えずして読者側の評価や価値観を変えてほしいなんていうのは無理なのですから、行動が人気不人気の評価にあたるのであれば、作中での行動を変える必要性があります。もしくは言動、もしくは表現内容を変更する必要があります。
　作品の文中に手を加えるということは、プロットも、シナリオの流れも変わるかもしれません。

　そこで、最初の質問に戻ります。
「そのキャラクターが人気を得ると、面白くなるのですか？」

　そのキャラクターの人気を上げるために、表現方法だけでなく大規模なシナリオ改変が必要になるかもしれません。もしかすると作品の流そのものが変わる可能性もはらんでいます。
　作者が他者に認めてもらいたいとして、人気を得るために強すぎる主人公を作った結果、ウザすぎるとされてしまう作品も少なくありません。そうなってしまえば面白味は失われてしまいます。
　愛情を込めたキャラクターですから人気を得させたい、読者にこう思ってもらいたいと思う気持ちは誰もが持つ事でしょう。しかし、過保護になりすぎて作品全体が面白いかどうかの意識が薄れることだけは気を付けたほうが良いと思います。
　キャラクターの人気を上げること求めることは否定はしません。しかし、それは作品が面白くなることが大前提だと思います。
　もしかしたら、今の人気の伸び悩みのキャラクターだからこそ作品が面白いのかもしれません。
　明確にどうすればという答えにはなりませんが、まずは作品が面白いかどうかを評価したうえで、そのキャラクターの人気が適切な場所にいるかどうかを、まずは見直してみてはいかがでしょうか。
（無論、作品の面白い点がしっかりしていることが前提ですが）