たぶんギリで牡蠣様、レスをありがとうございます。
お名前が長いため以下からは牡蠣様と略させて頂きます。ご了承ください。

まず一行目から引用なのですが……

Q「そのキャラクターが人気を得ると、面白くなるのですか？」

この質問への答えなのですが、残念ながら現状ではわかりません。
ただ劇的につまらなくなることはないと思います。
こう分析した理由ですが、私は「主人公が好きになれない作品」を読者が高く評価するとは思っていません。
もし仮に今回の主人公がテコ入れがキッカケでメアリースーになったとします。
そうなったら読者は離れるはずです。読者が離れると同時に主人公の人気も落ちるはずなので、そもそも「主人公が人気を得る」という定義を満たせなります。
だから主人公が人気を得ることでつまらなくなることはないと思います。

ただ「主人公の人気を伸ばそうとして却って失敗してしまう可能性がある」というのは考えられると思います。牡蠣様が心配しているのは恐らくここなのではないかなと私は思いました。

＞＞作者が他者に認めてもらいたいとして、人気を得るために強すぎる主人公を作った結果、ウザすぎるとされてしまう作品も少なくありません。
＞＞過保護になりすぎて作品全体が面白いかどうかの意識が薄れることだけは気を付けたほうが良いと思います。

ご指摘のような状況にはなりたくないので、シナリオ関係で修正は行わないようにしようと思います。

＞＞もしかしたら、今の人気の伸び悩みのキャラクターだからこそ作品が面白いのかもしれません。

一応不人気な理由は把握しています。
……まあ、正直な話、先の方が指摘するように脇役に濃すぎる連中が多いというのが原因です。
主人公自体は（一人称で書いていることも相まって）しっかりとキャラクター性が確立していて、戦闘シーンでも参加した戦闘全てで勝利に貢献しているキャラクターなのですが、それでも一番になれるキャラクターではなかったようです。
……次の章で人気だったキャラクターが主要キャラから外れるのですけど、それが理由で伸びてくれることに期待するくらいしかないですねえ。