うーん、心当たりがありすぎて解決例も多すぎてどこから話そうかちょっと迷いますな。

① キャラクター の行動が不自然(性格的に取らない言動をしている、もっと良い解決法があるのにそれを試していない)

キャラブレはわりと嫌われるので、そのまま突き進みますかね。ただ、性格設定を柔軟に考えられそうだったらなるべく柔軟に受け止めます。

例えばですが、私の場合ふだん神経質で警戒心の強いキャラクターがいたんですが、その夜起きたイベントにそのキャラが目を覚まさなかった、ということがありました。なんとなく気になったので「神経質そうに見えて意外に眠りが深い」というキャラ設定を付け加えました。そして以後も「時々急に寝落ちする」という謎の癖が発生するようになりました……。

別のキャラでは「医者なのに不摂生で風邪にかかった」とかいましたね。それはまさに「医者の不養生」という言葉がありますので、そうツッコミを入れさせました。

②世界設定との矛盾

私はわりと世界設定をギチギチにつめるほうなので、なるべくそれを優先させますね。ですが、キャラの行動がそれをあえて無視するように出ることもあって、そういう我の強いキャラに押し負けたこともわりとあります……。
あと、「その地方ではこう考えられているが別の地方ではまた違う」とか、「そもそも世界中の人たちが勘違いしている」なんていう状況もあります。

③単体ではおかしくないが後のB,C展開と合わせるとおかしい

B,Cのほうが重要でその代替案が見つからないのであれば、Aのほうをあきらめます。

そんなことばっかりですので画一的な答えを出すことが難しいんですが、天秤にかける要素のどっちのほうが重要か、を比べあいすること毎回ですね。その中間の妥協案が出てくることもありますし。

＞「辻褄を気にするよりさっさと書ききった方が良いのでは？」といった、質問内容そのものへ疑問を呈するご意見は、出来ればお控え頂ければと思います。

私も、漫画のときはある程度許容範囲が広くなるんですが、小説だとけっこうダメですね。気持ちはわかりますよ。