水戸黄門を書いてみればって進めたのは私だけども、前のスレッドでも書いたけどようは「一種のパターンがある物語」「勧善懲悪などテーマが読みやすい」「物語構造そのものに集中して欲しかったのでスレ主が興味を持たなそうな題材」という中から水戸黄門を挙げました。
そのときのものを流用するけども、

「黄門様が街の茶店かどこかに立ち寄る」
「店の店主が困ってる・困った場面に遭遇する」
「黄門様が裏側を調べるよう角さん助さんに指示する」
「黒幕がわかって、店主の娘が誘拐されるなど引き返せない状況が起こる」
「黒幕のところに押し入って立ち回り、印籠を見せる」
「黒幕は観念し、問題が解決してめでたしめでたしエピローグ」

これ話の流れが見て取れるよね。
前回も書いたけども、これをそのまま文章に起こせばこの内容は書ける、ってのは理屈としてはわかると思うんだ。
プロットは人それぞれ形があるけども、だから私の形が正解だって話ではないのだけど、私の場合はこの水戸黄門の流れが必要最低限のプロットの形かなって思う。まあこの形はプロットではなくストーリーラインだって言う人もいると思うけども。
ここで例えば「店主の娘には事情があって黒幕と……」とか、そういう余計なことをしなけりゃ普通に組める流れだろうって思う。
まあ、別にだからってこの水戸黄門の例題を書けよって強制してるわけでもないので、あくまで私はこういうプロットをこう利用してるよってだけの話。
他の方が補足してくれたけど、水戸黄門は長いだけあって探れば奥が深いんで、これを書けと強制してるわけでも推奨してるわけでもないです。
あくまで最初に書いた３つの要素をクリアする題材としてあげたまでの事なので。

そんなわけで、確かに「プロットのほうがおかしい」という事はあるっちゃあるけど、基本的にはプロットは「最初に決めた本筋の流れ」なので、これはそもそもいじりようがないんですよね。
だって、本筋を変えたら別の話になるやん？
だから、例えば
「黒幕がわかって、店主の娘が誘拐されるなど引き返せない状況が起こる」
「黒幕のところに押し入って立ち回り、印籠を見せる」
この展開で「てか黒幕の居場所とか判明してないし、プロットが矛盾してるような」とか思ったとしても、それは「助さん格さんが調べた内容では黒幕の居場所が不明だった（序盤から判明したら面白くないという判断から）」とか、そういう作者の「肉付け」と「プロット」が競合してるんであって、プロット自体が矛盾してるわけじゃないんですよ。
で、本筋をいじったら全体がおかしくなるんで、基本的に「本筋であるプロット」と「書きたいこと・作者の趣味」が競合した場合は「プロット」のほうが正しいと考えて、この場合「肉付け」のほうを修正しないと物語そのものが破綻してしまう。

「プロットがおかしい」んじゃなくて、プロットが成立しなくなるようなアイディアのほうがおかしいのよ。
アイディアや肉付けそれ自体がダメって言ってるわけじゃないよ。

でもねえ。
だんだん、スレ主さんは難しいこと考えずに適当に気軽に書いたほうがいいような気がしてきた。
夜寝る前とかに妄想したりしないかね？　わりとしてる人多いと思うんだけど。
その内容を翌日ノートに書き出すくらいのことを気軽にやればいいんじゃないかな。