一度回答を書いたのだけど、全消しして日を改めてます。
というのも、最初に書いた内容がまさに
＞ただ、「辻褄を気にするよりさっさと書ききった方が良いのでは？」といった、質問内容そのものへ疑問を呈するご意見は、出来ればお控え頂ければと思います。
コレだったのですよね。

こうした悩みは自分にも身に覚えがあるし、わかるのだけど、そもそもこの事に気がついてる読者がいるのかどうか、気にしてるのは作者だけではないのかって問題が大きくあると思うのです。
詳しくは読んでみなきゃわからないわけだけど、
＞①キャラクターの行動が不自然
不自然だと感じるのは作者の中に「想定してるキャラクター像」があるからでしょう。
例えば「AはBの事が好き」という設定・展開があったとして、でも場面が変わると「AはBにそっけない態度を取っている」となった場合、これは「辻褄が合わない」と言えるかどうか。
これは簡単な例だから、おそらくスレ主さんが抱えてる問題とは違うと思うかもしれないけど、
でも、読者は「AはBの事が好きだけど、そっけない態度を取ってしまう」というキャラクターとして認識するので、「それ」を含めてのキャラクター像なわけです。
ここで「作者の想定」と「読者の印象」で乖離があるけども、そんなのキャラに限らずよくあることなんで、大筋が間違ってなければ何も問題にならない。
つまり、読者は気にしていない、そういう問題があることすら知らないし、そもそもそれは問題ではない、という事がある。

状況や場面によるけど、むしろキャラに合わない言動をする時こそキャラに人間味が生まれる瞬間でもあるので、私なら採用する方向性で一考する。
そのうえでキャラクター性を優先させたい場合は修正する。

＞②世界設定との矛盾
これも①と同じで、読者は御作の世界観設定を網羅してから読んでるわけじゃないので、そもそも「矛盾」なんて無い可能性が高いと思う。
例えば「無限の魔力を持った最強の魔術師」というキャラがいるとする。一方で「魔力は人体に有害」って設定があったとする。
これは実現不可能なので矛盾してると作者は考えるわけだけど、読者は「有害な魔力をものともせず何故か無限に持っている凄い魔術師」と認識する。
設定を全て知ってる作者と、それを初めて知る読者とでは、印象がまったく違うんだ、って事です。
つまり、作者は「有害な魔力を無限に持つなんて不可能だ」と知ってるんだけど、読者はそれを知らないので「なぜ無限に魔力を持てるのか」と逆に興味を持ったりするんですよね。
物語って「実現不可能な事をやってる」から面白いんであって、こういうとこって逆に面白味ポイントですよ。

今回は時系列の問題でもあるので、例えば「Aと知り合う前の出来事なのにAについて知ってないと展開が成立しない」なんて場面。
これは確かに矛盾ではあるけど、「A」を「噂で聞いたミスターX」とでも仮定しておけば、「Aと知り合う前の出来事だけどXについては知っている」ので展開は成立させられますよね。
これも前述した事と同じ話で、
読者は「A」について知らないし「A＝X」という事も知らないので、これで案外通ってしまう。
作者の視点で考えると「理屈に合うこと」しか考えられなくなってしまうので、設定設定でカオスになってしまうと思う。
やろうと思えば、終盤でいきなり設定がまるっと違和感なく変わることだって可能ですよ。
例えば「それは初代様の方便でね。間違いではないが正確にはこうだよ」と言ってしまえばその時点で変わる。
物語が成立する設定さえブレなきゃ、世界観に限らず、設定なんてものは意外とどーにでもなる。

＞③単体ではおかしくないが後のB,C展開と合わせるとおかしい
つまり、「点」としてA・B・Cを見るとおかしくないが、それを繋げて「線」にすると不自然に見える、ということだろうか。
であれば、A・A'・B・Cと逆に足すという手段もあると思う。
ようはそれら「点」が「線」として成立してるように見えれば良いだけなんだし、最初から作者が「線」として繋がりを意識して書く必要はないわけで。
なら、Aがあることで不自然になる要素を書き出して、その要素が不自然でなくなる（不自然に見えなくなる）ようなA'を追加すりゃいい。
場合によってはA'は人称を変えたり視点を変えたりしてもいいと思うし、先の例で言えば「ミスターX視点でA=Xを読者に匂わせる」というA'を用意してもいいよね。

でもまあ、最初に戻るけど、これもまた「作者がおかしいと感じてるだけ」な事が結構あると思う。
その「点」がどう「線」になるのかってのを読み取るのは読者がする事なんで、確かに執筆時点で書いてる作者が疑問に思ってちゃいけいないと思うけど、つまり問題なのは「どう読み取れるか」って事なので、その作品が正確無比に設定に忠実である必要は無いんですよね。
でも設定を知ってる作者としては、設定って言ってしまえば執筆ルールみたいなものだから、そこに縛られやすい。それで生まれる悩みが「辻褄が合わない・矛盾が生じる」という悩みだと思う。
なので、確かに作者が問題があると思っちゃってるのは問題だけど、「気にするな」が可能であれば先に完成を急いだほうが良いと思う。
解決させるならもっと頭を柔軟にしたほうが解決しやすいと思う。