私が知っている主人公が悪いことをするお話って、
ルパン三世（アニメ版）、宇宙海賊宝舟組！くらいしか思い出せなかったんですけど、
二つの共通点って、
「親の（悪い）家業を継いでいる、または継がざるをえなかった」ところで、作中で主人公は捕まる立場にあるって明確にしていた気がします。
あと、仕事は悪でも、人格は読者が共感しやすいような設定になっていると思いました。
また、基本他人を殺さない（殺しても見るからに悪党とか、殺しても仕方がないシチュ）、そういう配慮はあったような気がします。

あくまで個人の所感ですが、何か参考になれば幸いですー。
ではでは、失礼しました。