やり様はいろいろあると思いますが、完全に『萌え擬人化では無い』と思わせるのはほどほど難しいと思います。

ただまあ手段としては……。

①『怪物』と明言してしまう。『強いて言うなら人型、かなあ？』ぐらいの外見設定にしてほぼすべてのキャラが『人外の相手と接している応対をする』ようにする。
②『特撮の怪人』で考えない。小説なんだから、動物工学をガン無視した構造を許容する。六肢動物とか、頭が三つあってそれぞれ動くとかCGでしか作れないような怪人にしてしまう。
③とにかく、『人である部分』を減らす。バケモノを作る過程でたまたま人間型になった、ぐらいの外見を考える。『萌え擬人化』というのはつまるところ『人』なのだから、こちらの『怪人』はシルエット以外の部分で『人』を排してやればいい。

　”トカゲ頭、昆虫の羽、左手はビーム砲、足の関節は異様に多く、中ほどで不気味なしなりを見せている。けれどその様は、どこか人型にも近いように見えた。”

　みたいなのであれば、『萌え』要素なんざないでしょう。というか、それに萌えられるなら勝ち目がねぇ。
　怪人というのは、『人間が古来から伝承・伝説の中で戦ってきた”怪物”』に相当するものを人型にして特撮の敵キャラとして映像を撮りやすくした・人に近付けることでドラマ性を見出しやすくした訳です。ようは、『擬人化された悪』と言えなくもない、ということです。
　怪人自体もある種の『擬人化』ではあるわけですが、『萌え擬人化』と違って『人型であることに、性の対象としての意味はない』ということです。
　『萌え擬人化』においては、キャラクターに一種のエロスを求めるがゆえにどうしても残さざるを得ない人間としての特徴があります。顔は概ね人間だとか、胴体近くの露出部が肌色じゃないと気が済まないとか。
　そういうのを排してやれば、ある程度『怪物』として認識しやすくなると思います。