せっかく知り合いの方に読んでもらったのなら、その人にもう少し詳しく真意を訪ねる方が有益なんじゃないかという気もします。
それと、一般論としてキャラに愛嬌を持たせる方法についてはすでに他の方から行き届いた解説がされているので、私から付け加えることも思いつきません。

ただ察するところ、スレ主様としては主人公に好感が持てないと言われたことに納得がいかず、もやっとした思いをかかえて質問にこられたご様子ですね。
なので、知り合いの方とどこで食い違たのかについて考えてみました。

＞メインヒロインに対して一途で誠実なところを書いたつもりです
＞また、気が弱いという弱点も設定し、性格も突飛にはなりすぎないように注意しました

一途で誠実。これは確かに好感ポイントの一つたりうるとは思います。しかし一口に好感と言ってもいろいろな種類があると思うんですね。誠実であるという性格は、「愛嬌」「憎めない」「可愛げがある」という感じがしますか？

一途で誠実。そして気が弱いというキャラなら、私がぱっと思い出したのはエヴァの碇シンジくんだったりします。
あのキャラは、まあ、いいヤツではあるから好感は持てます。リラックスしているときの笑顔もけっこう魅力的で、けして暗くはないんですけどね。しかし、内向的すぎてじれったいじゃないですか。

＞自分ではできる限り憎めないキャラとして書いたつもりだったので

憎めないというのは、憎たらしくないという意味じゃないですよ。少しヤンチャなところがあるのに、なぜか許せてしまう。そんな人間を「憎めないやつ」と言います。

＞隙がなさすぎて可愛げがなく、

この「隙がない」という指摘についてはどう思われますか？　ご自分の主人公を振り返って、「そう言えば、そんなところはあるかもしれない」と思い当たるところがありますか？
誠実で隙がないという性格は、ちょっとけむたいというか、気楽に付き合いにくい感じがしないでしょうか？　ヘタなことを言うとつっこまれそうみたいな。信頼はできるかもしれないけれど、遊び友達には向かなそうです。

エンタメ作品で人気の出るキャラは、憧れの対象か、気心の知れた友達のように一緒にいると楽しいと感じさせるかの二択ではないかと思います。あと一つあるとしたら、同情かな。
誠実で隙がなく気が弱いというのは、この三つのどれにも当てはまらない気がしませんか？

スレ主様の主人公は、ちょっと気真面目すぎるか、慎重すぎるのか、ひょっとすると感情の起伏が薄いところがあったりはしないでしょうか？
そういうキャラって、あまり好感はもたれないのが普通ですよ。

あくまで少ない情報からの推測なので、ぜんぜん見当はずれなことを言っていたらご容赦をください。