私も実際に読んでみないと、具体的な話はしにくいですね。
なので、あくまで経験や推測の話になってしまい、的外れになってしまう恐れがありますが、意見を述べたいと思います。

まず、批評や感想についてですが、
対象読者ではない方に読んでいただいたときに、「これのどこが面白いのか分からない」「キャラが好きじゃない」って言われても仕方がないんですよね。
消極的なキャラに共感する人がいれば、「イライラする」って共感できない人もいます。
だから、感想を参考にして作品を直すなら、一人だけの感想ではなく、いろんな人に読んでもらったほうがいいと思いました。

ただ、みんなが指摘するようなあからさまな欠点は、磨きようによっては武器になるみたいなので、一概にそれがダメっていうのも言いづらいです。

あと、私の創作の考えですが、主人公が親切心で活躍して難題を解決したり、狙ったわけではないけど主人公が何かしたおかげで他のキャラに好意を抱かれたりすると、読み手は魅力を感じやすいと思います。なので、これができていると、キャラが好きじゃないって言われにくいと思いました。

そういった点で指摘された部分を推測してみると、
もしかしたら、「性格も突飛にならないように」って配慮したため、キャラが地味になり、気が弱い設定もあって活躍が少なっているのかもしれませんし、
好意で近づいて（裏心で）彼女に何かして相手の好感を上げているように見えるから、隙がないように見えてしまったのかもしれません。
そういった演出で、裏目に出ている可能性があるかもしれないと思いました。

この推測が何か参考になれば幸いですが、合わなかったり的外れだったら流してくださいね。
ではでは、失礼しました。