「ストーリー」＝「キャラクターの行動」のはずです。つまりストーリーとキャラクターは不可分だと思うのですが、キャラクターを考えずにストーリーを作っていたというのがやや不思議です。

少なくともスレ主様のストーリーにはキャラクターがまったく居なかったというわけではないでしょう？　思うに、キャラクターがストーリーの都合だけで動く操り人形のようになっていたということなのではないでしょうか？

であるならば、キャラクターの感情を考えてみるのはどうでしょうか？

◎キャラクターの感情　→　そこから生じる目的意識や行動　→　ストーリー展開

こういう因果関係を意識して、ストーリーからキャラクターの感情を逆算することはできませんか？