私は物語を先に考えるけど、「完成した物語」を作るんじゃなくて、プロトタイプを先に作ってるだけのような形です。
キャラクターの行動が実際読者が読む「物語」の部分になるので、これを指して「先に物語を考えてる」と言ってるわけではないです。

だからつまり、「主人公は復讐するため旅をする」ってアイディアで話を考えると、
まず最初はオチである落とし所を決める。簡単に考えれば「復讐した/復讐できなかった」の二択。
そこから適当に組み立てると
「主人公は両親を殺される」「仇を偶然見かけて接近する」「実は両親のほうが悪だった」「親の罪を精算する中でも仇と対立する」「ついに復讐を果たした」
という感じ。
ここでキャラクターを考える。
主人公は復讐者だけど、復讐を考えそうにない穏やかな少年が復讐心を持ったほうが面白いので、「優しい穏やかな少年」と考える。でも復讐を決意するわけだから、何か決めたら邁進するような性格。まあやるときはやるタイプですかね。
でも、そうすると「復讐心を抱く」という場面にもっとインパクトを持たせたい。絶望感を原風景に、これを動力源に行動する感じがいいなと思うので、「両親を殺される」から「孤児院で自分以外の子供が惨殺される」とかに変更する。
と、ココでキャラクターに合わせてストーリーのほうが変更されています。
ストーリーを先に考えると、その物語に合わせたキャラを考えればいいだけで、そしてそのキャラとストーリーを擦り合わせて整形すれば話が出来ます。
なので、別に難しいことはないんじゃないかなと思うのですが、どこに悩まれてるのでしょう？

まあでも、ストーリー先行で考えるとキャラクターの魅力が物語に強く依存するので、あまくささんが指摘されていますが、そのストーリーはいいけど、一回話が終わると次の話が作りにくい（キャラがブレやすい・キャラを出しにくい）というのがあります。
なので一話完結で続編の予定がなけりゃそのまま終わり。
続編を書くんであれば、こっからはキャラを中心にした物語を作る必要があると思う。
キャラの掛け合いを多く書こうって話じゃなくて、「主人公の復讐心」についてを強くアピールするために「某組織を壊滅させるエピソード」を作るという感じ。
「主人公の特徴」や、もちろんサブキャラにスポットを当ててもいいけど、そうしたものを中心にエピソードを組み立てるとキャラを出しやすいしブレもない。
ただ、これはあくまで続編を作るならって話。
ストーリー先行型、つまり物語ありきで作る人は、どうあっても最初に考えた「ストーリー」が終わったらもう書くことがないので、脇道や補足の外伝だったり別のことをしないと続きは書きにくい。