俺が初心者のころにやっていた方法なんですが、『書きたい場面をいかにカッコよく（or面白く）書けるか』の連想ゲームをするといいかもしれません。
　
　簡潔にまとめるために少しわかりにくい言い方をしましたが、

①『書きたいシーン』『カッコ良いキメ台詞』『何らかのギャグ』をまず思い浮かべます。←質問者さんはこれはたぶんできていると思います。

②どうやったらそのシーンに至れるか考えます。『このキメ台詞が出てくるには主人公がピンチから逆転しなくちゃいけない』とか、『主人公の設定を最大限生かして、ピンチ→チャンスの構図を作るにはこういうラスボスがいいだろう』とか。

　これがしっかりしていないと、『自分が見せたいもの』が読者に伝わりません。どんなにカッコイイ台詞も、必殺技も、説明不足じゃ通じないからです。

③　②で考えた『カッコいいシーンにつなぐためのアレコレ』を矛盾なく読者が受け入れられるプロットと設定を考え、それを説明する文章や『こういうキャラクターなんだ』と受け入れやすいショートストーリーを書きます。

　『だからそれが書けないんだって！』と思うかもしれませんが、『自分が主人公だったら何をするか』をベースに『設定・背景』を説明しやすい事件を起こしたりすると、意外と量が書けてしまいます。
　人間の脳の構造上、『やらなきゃいけないこと』がハッキリしていると仕事が進みやすい（らしい）のです。

④全体のつじつまが合うようにキャラクターごとの動きを調節したり、伏線を張ります。『事件が起こる必然性』と言い換えてもいいですね。③ができればこれも多分できます。

⑤　①～④まで全部やると、『アレ、この説明くどいかな？』ってのが出てくるので削ります。『筆者が考える整合性』と『読者が考える整合性』は実は違っていて、改めて読みなおすといらないものが結構出てくるので削りましょう。

　以上。
　創作初心者に『まずは短編から』と勧める人も多いですが、個人的には『とりあえず説明とかガン無視してカッコいいシーンだけ書いてみる』ことをオススメします。まぁ、『カッコいいシーン』でなくて『オチ』でもいいですが。
　『カッコいいシーン』を描いた後は、上に書いたとおりの連想ゲームで『どうすればこのシーンが最高にカッコよくなるか』と考えれば大体何とかなります。

　初心者に『短編から書いた方がいい』とオススメするのは『整合性のとれた物語を書く難しさ・難しい感覚』を覚えてもらうためだと俺は考えます。その難しさ・感覚というのが質問者さんの場合『書こうとしても違和感を感じる』という風に出ているので、『短編から』を一回飛ばして『クライマックスだけ』書いてみることを勧めます。
　あとまぁ、モチベ。『俺の考えたカッコいい主人公が、最高にカッコ良いこのシーンのために俺は頑張ってるんだ！』みたいな。
　俺も大した創作歴を持っているわけじゃないですが、参考になれば幸いです。