『天空の城ラピュタ』のムスカ、かな？
他にあるだろうと思いますが、パッと思いついたイメージとして。

御作の構想では戦争による社会の壊滅は近い過去の出来事のようですが、さらに大きな背景として「千年以上封印されてきた魔法技術」というのがありますよね？　そこまでの大風呂敷をほのめかす以上、

＞『なぜ壊滅に至るまで戦争を続けたのか』『なぜ戦争に際して封印されていた魔法技術を解禁するに至ったのか』

の探求は、そもそもの魔法技術の成立にまで到達しないと消化不良になります（明示するか、暗示にとどめるかは別として）。

ラピュタ、そしてナウシカも、失われた古代文明の残滓をめぐって主人公サイドと悪役が争うストーリーです。ムスカも主人公も「探求者」であることに変わりはなく、ただムスカには己の野望にそれを利用しようという邪心があるから悪役。そういう形なのだと思います。

ということで、参考にならないでしょうか？

＞『黒幕とラスボスが別々』みたいな状態でイマイチまとめ方が思いつきません。

ここなんですが、別に言葉の用い方に対して揚げ足をとるつもりはありませんが、「黒幕」の位置づけをどう考えていらっしゃるのかなと。
すでに死んでいる戦時中の上層部というのは、単にストーリーの背景に関わる人物にすぎず、今現在進行しているストーリーをコントロールはしていませんよね？
ムスカはラピュタの文明の全貌を知り尽くしているわけではありませんが、王族の血統という素性と知識量など、最も深くラピュタに関わる人物。そしてストーリーの主軸として行動していました。中盤あたりまではそこまで重要なキャラには見えなかったのですが、終盤になってラスボス要素・黒幕要素をはらむ真の姿を現すという流れだったかと思います。