そう指摘されてしまうのは、おそらく世界観がしっかりしてないからだと思います。
例えば、剣と魔法のファンタジー世界のナーロッパの住人が平然とスマホを使っていたら、コレジャナイ感がありますよね。
指摘した読者さんも同じコレジャナイ感を感じ取ったはずです。

指摘を受けた作品の世界観が質問に記されていないので、分かりませんが、現代を舞台に医療だけファンタジーの世界観だとすると、そういう指摘が来ても過不足ありません。

ファンタジーと現実のかき分けと言うのは、世界観で決まります。作品にはリアリティラインというものがあり、それを意識して書くといいと思います。
もし、世界観もしっかりしていて、リアリティラインも定めているのなら、それはその読者さんが間違っていると指摘したかっただけの可能性が高いです。

何かのお役に立てれば幸いです。深夜テンションで失礼しました。