《１》
近代的な世界観に魔法の要素があるのは、別に問題ないと思いますよ。
冒頭で早々に伝えれば、混乱しないと思いました。

《２》
武器の名前は、１みたいにルビを振ってくれれば、私は分かりやすくて嬉しいかなって思いました。

《３》
ちょっとよく分からないなぁって思うところがありました。
複数の視点を扱う場合、メイン視点を一人称にして、他は三人称。もしくは全部三人称のほうがよい気がするんですよね。
全部一人称だと、別の視点主の一人称にはすぐに慣れにくい気がするからです。
なので、ダブル主人公でなぜ一人称視点にしたいのか、スレ主様のお考えがよく分からなかったです。
また、主人公の視点のみなら一人称でもいいと思うんですが、なぜ三人称で行こうとお考えなのでしょうか？

さらに、ダブル主人公って、それぞれ何か複雑な思惑を抱えていてお互いに敵対しているとか、そういうこじれた背景を読者に理解＆感情移入してもらうために使うような気がするんですけど（あくまで私の場合ですが）、
２の主人公の視点のみでハーレム要素の作品だと、全く別の作品のように感じます。

なので、どういう理由や演出を考えて、１のダブル主人公で書きたいと思ったのか、ちょっとよく分からなかったです。

上記のよく分からない状況で、スレ主様のご質問を考えると、２のほうが１よりは複雑ではないのでよいのでは？と思いました。

あくまで個人の意見ですが、何か参考になれば幸いです。