有りか無しかで言えば、無しではないと思います。
ただ、ナチス特有の負の要素を除去したら、そもそも主人公をネオナチに設定する意味が無くならないか気になります。単にヴィランを主人公にするというのなら有りだと思うんですが、それがジョーカーとか死ね死ね団じゃなくてナチスである理由づけと言うか。
そのへん、どんな主人公像をイメージされているのでしょうか？