概ね他の方が仰っているようなのと似たようなことを書きますけど。

　ナチスという言葉そのものが一部地域のユダヤ人やそうでなくても『ナチスの行動によって責め苦を負わされた戦後のドイツ人』にとっては苦々しいイメージを与えられるものです。

　昨今で言うと『鬼滅の刃』における『丸太』騒動とか、少し前だけど『ＲＡＤＷＩＮＰＳ』の『御国』とか有りましたけど。誰かを傷つけようという意思と無関係に他人のトラウマを抉る単語はいくらでもあります。

　『知らなかったなら仕方ない』は法律的に罪に問われるか否かまでの話。使った結果として、誰かが嫌な思いをした・自分を傷うつけたものが正当化されることに気持ち悪さを感じた、ことに変わりはありません。『ナチス』のようにハッキリと問題ある主人公設定分かっている場合は思想の有無に関係なく、辞めた方が良いでしょう。

　で、その上で利用するなら『ナチスが悪である（とされている）ことを十全に利用した作品設計』が求められるので、質問者さんがなさろうとしているような『軽い』運用はやめた方がいいと思います。