もう少し凝った設定にするなら。

１）精霊と人間は、本来はどちらも心と肉体が融合した存在。

２）しかし精霊は心（スピリチュアル）の成分比率が強く、人間は肉体（物質）の成分比率が強い。

３）そのため通常の人間は精霊の肉体を見ることができず、光の玉のように見える。

４）契約者は敵の特殊な能力によって、心と肉体が分離してしまった。

５）微精霊は、契約者の心と交流があったため、空き家になった彼の肉体と一時的に融合することができた。

６）ここで、契約者の心の方はどうなったの？という疑問が生じます。敵が何かの計画に利用するために、仮の肉体を与える感じでしょうか。

７）ラストシーンで微精霊の心と契約者の肉体が分離する。（契約者に肉体を返す）

８）先の試案では契約者側が成長して微精霊の希薄な肉体が見えるようになったとしましたが、

９）微精霊側が契約者の肉体と融合していたことによって、彼の側の肉体性が強化され、契約者に似た姿で実体化した。

とする手もあるかもしれません。