……某ロボットもののTRPGのルールブックに「イメージソースになっている作品群を挙げて『○○のほうが強い』などと言い争いをしないように」というマナー講義があるんですけど、そんな深刻に起こることなのかなぁって思ってたら本当にそういうことがあるんですね……
スーパーロボット大戦は詳しくありませんが、あれはクロスオーバーそのものに意義があってかつ大変な労力が費やされているので、ファンが空気読んで野次を飛ばさないようにしているんだと思いますが。実際には作品によっては冷遇されている(キャラやロボット単体より作品そのものが)、ということがあるらしいので、スレ主さんの言ってることがどこまでファンの皆さんの共通認識かはわからないです(逆に原作で不遇なキャラが優遇されているらしい、との話も聞きますが……)。
ロボットものは好きだけれどそういうのを気にするまでのマニアではない身としては、作品単体で見た時の統一感がとれてないのはなんか嫌ですかね。ただしスパロボレベルの大規模クロスオーバーに巻き込まれたら、それはもう気にせず楽しもうよと思うほかないです。クロスオーバーってのはお祭り企画なもんですから。
ちなみに、原作ありのノベライズやコミカライズを担当したことのある知人に聞くと「ageはありでもsageはなし。ファンを裏切らないようにするにはそれが当たり前の世界」……だそうです。だから、お祭り企画によそ見をして目を奪われていないで、自作単体だけを見た時に完成度を高めることに集中するほかないのでは……と思います。