初めまして。早速ですが読ませていただきました。
残念感の正体はわかりませんが、もしかしたらそれは「読者が喜んでくれるのか」という不安ではないでしょうか？
この物語に対してこの結末でいいのか。これを読んだ読者は満足してくれるのか。などなど、これらの想いから来るものだと推測します。
私も結末にはいつも悩みます。このキャラで、この物語で、この設定で、こういう終わり方をして読者は満足するのだろうか？と。

以下はあらすじに対するツッコミになります。
・なぜヒロインは破壊神になってしまったのでしょうか？
・せっかく封印した破壊神を主人公が解放しちゃっていますが、大丈夫なのでしょうか？　そんなことしたら拳聖どころか愚者呼ばわりされそうな気がします。記憶を失っていても戻ったら破壊神に逆戻りに？
・なぜ六族連合は白エルフを排他しようとしていたのでしょうか？　もしも白エルフ＝破壊神になる可能性がある？という理由なら排他もやむなしに思えます。
・なぜフォエイタンスは六族連合に対抗していたのでしょうか？
・日本人が出てきますが、この物語の舞台ってどうなっているんでしょうか？　日本人が異世界転移したのか、それとも日本と異世界が混ざっているのでしょうか？
・1億の大金を手に入れてヒロインの入院費用に充てていますが、それこそセレナに出させるべきではないでしょうか？
・ヒロインの病気は明らかにセレナのせいですよね？　ということはセレナは死ぬのを見越して主人公に封印させたということになります。殺させたのはセレナ、殺したのは主人公という図式になりますが、主人公がそのことで葛藤している様子がないのが気になりました。それとラストでは主人公もヒロインも死ぬので、生き残ったセレナに間違いなく読者のヘイトが及ぶと思いますが、大丈夫なのでしょうか？
・王様が創造神になっていますが、これって真名をつければ誰でもなれるのでしょうか？　誰でもなれるなら国民全員が創造神になれてしまい、パワーバランスが崩れます。
・セレナの世界書に記述したことが現実になるなら、現之墨で「白エルフは滅亡する」と書けば目的は達成できてしまうのでは？　もっと言えばこの便利アイテムを奪えばヒロインを助けられちゃいます。
・神術で主人公がセレナの寿命と等しくなっていますが、逆にセレナの寿命を主人公と等しくしてしまえば長生きできるのでは？
・物語にASDとPTSDの必要性が感じられないのですが、これには何か理由があるのでしょうか？

説明がないだけなのかもしれませんが、読んだ感じ「作者の都合」が所々に感じられるのが難点です。ラノベとはいえ筋道が通っていないと納得しない読者はいます。新人賞に送るのならば、下読みはまず落とすと思われます。ドラえもんですら映画ではポケットを落としたりして、秘密道具が使えなかったりします。
これを書いている時に思いましたが、もしかしたら残念感の正体はこの「作者の都合」なのかもしれません。