強い精神的ショックを受ける描写は、やはりある方が良いと考えます。クライマックスを盛り上げるには、やはり神格が超危険な存在であることはしっかり読者に見せつけないといけません。
しかし、小説はTRPGではないので、ある程度ご都合主義が許されていいと思うのですよ。
TRPGなら、SANチェック抜かす理由は無いし、全員失敗したらがっつりバッドエンドに行くのもそれはそれで一つの楽しみ方なわけですが。

なので、ショックを受けつつ主人公らが解決策を取れる程度にするには、と考えると主に2つの方法があるかなと。

一つには、ショックをある程度緩和する理由をつけておく。
事前に神についての情報を小出しに主人公らに与えておき、そのたびにショックも小出しに受けていてもらえば、ある程度の覚悟が形成されて実際に出てきた時のショックが小さくても済むかなと。
クトゥルフ神話系なら、夢で神格の姿の一部を垣間見させられるなんてのも不自然ではないシチュエーションだと思いますし。

もう一つは、主人公らの一部には壊れてもらい、残りのメンバーでぎりぎりバッドエンド回避。SANチェックだって各自振るんだから成功する人と失敗する人の両方が出る方が普通ですし。
失敗したメンバーが狂気に冒されてとった言動が、追い返す解決策のヒントになるというのもアリかと。

あまりグッドエンドではないですが、
ギリギリ正気を保ったメンバーらが犠牲になって追い返し成功、狂気に冒されて何もできなかったメンバーだけが生還して状況を証言
なんてのもクトゥルフ的かと。