既にs.s様が述べられておりますが、自然の理そのものを完全に悪物にする事はどうにも難しい所です。
アライ様も既に理解されている通り人間も大概というのはあります。

テーマ性に対してある種卑怯なやり方ではありますが、敵を自然それ自体ではなく、あくまで自然や自然現象の悪い側面だけを抽出した存在に落とし込む手法です。
アライ様も提示された喋る獣の他に、特定の自然現象を司る精霊や土地神、シーシェパードのような過激なエコテロリストなどが挙げられます。
当たり前のように人間に生贄になる事を要求するなど、後はそれらをなるだけ悪辣に描ければ作品内ではしっかり勧善懲悪として完結すると思われます。

問題があるとすれば作中の悪役そのものは兎も角、モチーフにした自然そのものに責任を求めるとなると「まあそういう側面もあるよね」という域を出ない、完全論破というには程遠いものという事でしょうか。
繰り返しますが自然というものを完全な悪役にというのは難しい事です、人類に恩恵だけ齎す事を要求するのはあまりに虫のいい話ですからね。