おそらく。

スレ主様がイメージされているのは、正確には「自然そのもの」ではなく「自然を僭称する何らかのキャラクター」なのだろうと思われます。

この掲示板ではあまり話を難しくしないように心がけているのですが、

＞哲学的な問題ですが、力を貸してください。

とのことなので、少しだけ哲学的な話をしますね。

まず、そもそも人間も自然の一部であるということを、忘れてはいけないと思います。

＞人間も同じように生きる為に肉や魚を食べているので、

その通りです。どんなに「きれい事」を言っても、人間は植物も含めたら何らかの生き物を食べないと餓死します。それはどういうことかと言うと、人間は人間である前に動物であるということです。

それどころか人間は、生きるためでなくても殺すことがあります。
ゴキブリを殺すのは、気持ち悪いからでしょう？　ただ自分が不快だというだけの理由で、平気で他の生き物を殺すのが人間です。逆に美しいと思った時にも殺しますよね。昆虫採集ってそういうことでしょう？
また、人間は人間を殺します。人間以外の動物もまったく同種族を殺さないわけではないのですが、人間の見境なさは群を抜いています。戦争とか、テロとか、拷問とか、快楽殺人とか。こんなのは人間だけがやることです。

すなわち獣よりも人間の方が、よほど質が悪いと言えます。

一方で。
そのようなことを悪として憎む心を持っている生き物も、人間だけです。
獣は戦争も拷問もやりませんが、戦争や拷問を憎んだり批判したりもしませんからね。

だから。
小説として書くのならば、普通に優しく正義の心を持った主人公と、「自然」を名乗る邪悪な敵を描けばいいんですよ。

わりと参考になりそうなのは、『まどマギ』のインキュベーダーじゃないかと思います。

かわいい外見と、かわいい声。それが涼しい顔をして、

「人間と家畜は理想的な共生関係を結んでいるじゃないか」

「これを残酷だと思うなら、君にはまるで本質が見えていない」

なんて言いますよね？
あのセリフ、実に正論ではあるんです。だけど、納得はできませんよね？　
キュゥべえに対して怒りをぶつけた主人公に共感しなかったでしょうか？

なぜ、そういう気持ちになるのでしょうか？
それをよく考えて、あの作品を分析してみれば、答えは見えてくると思いますよ。