漫画「青の祓魔師」もそんな感じの設定じゃなかったっけ？
読むせんさんも書かれてるけど、割とよくある設定の話かと。それ自体は何も問題ないし、気にするところじゃありません。
似てるの既にあるよって言われるとショックだろうけど、これはそういう話じゃなくて、例えば、シリアスな巨大ロボの話があると何でも「エヴァのパクリ」って言われてた時代もありました。
……そもそもそのエヴァがナウシカの設定の流用なんだけどね。
まあそれは置いといて。
それら作品は、たしかにシリアスなロボの話って点でエヴァと雰囲気が似てるかもしれないけど、まったくの別作品だし同系統の話ってだけ。
今回の場合、呪術とか魔力とか超能力とか不思議パワーと学園とちょっと重めな話をするってコンセプトでやりゃ、だいたいそうなる。
つまりこれは、「自分と同じコンセプトで書かれてる作家がいる」という話で、書こうとしてる方向性が同じだってだけ。当然のこと書いてるものはぜんぜん違う。

では問題は何かっていうと、作者が自ら進んで似てるところを探し、凹むってとこ。
類似点を見つけようとしちゃうんだよね。
だから、普通の人が気にしないような所まで「ここがこうだから似てる」と思ったりしちゃう。
立場は違えども、これはもう「ロボアニメを何でもエヴァのパクリと言ってた人」と同じ。

でも、例えば「少年少女の心にある壁をテーマに悩みやトラウマと向き合う話」となると、まあ書き方次第だけど「ロボが出てこないエヴァ」って評価を得ると思う。
エヴァの最大の個性であるロボ（まあ人造人間だけど）って設定を排除しても、なお似てると言われてしまう場合もある。
その理由は、「心の壁」とか「悩み」とか「トラウマ」とか、その作品がやりたいことやろうとしてることが同じだから、設定がまるで違っても同じような印象を与えてしまう。
まあ、エヴァって作品が何をしたかったのか正直私にはわかりかねるけども。

つまり設定ってのは、まったく違っても同じ印象を与えてしまうし、なら逆にまったく同じでも本当は全然問題ないってこと。
しかし一方で、「その作品がしたいこと」が同じであると、設定なんてのは関係なしに「似てる」と思われてしまうし自分でもそう思ってしまう。
なので、設定は変えてもほぼ意味がないので、似てるからと変えるのは止めたほうがいいと思う。

そして。
ここまで書いておきながら、これは持論も持論で私がそう感じてるってだけの話なのだけど、
こういう場合、特に書き慣れてない人ほど「似てる……」と強く感じてしまうのは、「自分がやろうとしてたこと」と同じ方向性の作品を見て「その作品」に自分のやりたいことを寄せてしまってるため。
つまり、その作品に、今まさに影響されちゃってるんですよね。
似てるんじゃなくて、今、この瞬間に自分で似せたんですよ。

じゃあ似た作品は見ないのが正解かって言うと、そういう答えを持ってる人もいる。影響されるから見ないって人。それはそれで一つの答えだと思う。
でも、私個人としては、そういう同系統の作品は「良い参考資料が見つかった」と思うべきだと思う。
えっと、これは少し話が違うかもしれないけど、
多分、雰囲気はぜんぜん違うんだろうなってことをわかった上で言うけども、「復讐のため」ってワードが無けりゃ、スレ主さんの作品は「ナルト」にも通じる設定ですよね。
ナルトもアカデミーは卒業してるけど学校というか顧問と部活してるような任務形態だし、火影を目指してるし、両親も死んでるし……
とまあ、私はかなり「似せて」解釈してみたわけですが、このように似せて（寄せて）解釈することが出来ちゃうので、これはまさに「何でもエヴァのパクリと言ってた人」と同じ思考なわけですね。

大事なのは「作者が書きたいこと」「やりたいこと」であって、それらを表現するための道具である設定が大事なのではない。
だから厳しいことを言えば設定が似てるってことで凹むこと自体に喝を入れるべきだと思うけど（つまり自分から寄せてるって事なので）。
似てると思った作品の「作者がやりたいこと」をきちんと把握して、自分のと見比べて、それがまったく同じであるなら、たしかに問題。
でもおそらくそうではないから、自分がやりたいことをちゃんと把握してブレないように意識したらいいと思う。
そういう思考の中で、「あ、似てると思ってたけど違うな、これ」と思えれば、もうモチベは以前のように戻ってくると思う。

……まあ、モチベが下がってきてたから似たような作品を手にして「これでええやん」的に寄せてしまった、という可能性もあるけども。