皮肉＝批判です。
まず、そこはいいですか？

＞「女の子アニメへの皮肉として読み取れる」みたいな感じの内容

そういう「女の子アニメ」が好きな読者を「読者Ａ」、もともとアンチ傾向の読者を「読者Ｂ」とします。
構想されている内容は、

１）「読者Ａ」を敵にまわす。

２）「読者Ｂ」は共感してくれるかもしれない。

３）「読者Ａ」に強いインパクトを与え、「読者Ｂ」に宗旨替えさせることを目指す。

考えられる効果は、この３拓かと思います。

１が強くてそれだけで終わってしまう内容は、「誰得？」って感じにしかならないので普通は避けた方がいいでしょう。

２は一定数の読者がついて来てくれる可能性はありますが、それでも何かを揶揄するだけの内容だと「こきおろすことを目的にしている作品」という印象は否めません。なので物語の他の要素として、魅力的なウリがほしいです。
で、その場合、そのウリと「女の子アニメ批判」に特に関連性がなければ、そんな批判（皮肉）は入れなくてもいいんじゃないかという問題が浮上します。

そう考えると、３を目指すのがいいんじゃないかという結論になります。そして、そのためにはスレ主様が「女の子アニメ」が嫌いな理由を再確認してみる方がいいかなと。

スレ主様は、仰っているようなタイプの「女の子アニメ」が嫌いか、馬鹿にしていますよね？
間違いなく、そう思えます。
それはそれでいいのですが、作者自身の中でそういう考えや感情を抱く理由がしっかりしていないと、上手く行かないんじゃないかと思いますよ。

ちなみに、

＞よくアニメで三話の悲劇と言って

これは元々は『まどマギ』から始まっています。あのアニメの第３話で一人の少女が突然悲劇的に死んでしまった衝撃が鮮やかで、かなり話題になりました。（「マミる」という言葉が生まれた）
ただ、『まどマギ』ではその少女を皮肉る要素は皆無です。一応そこは参考にしてみるとよいかと思います。