「へへっ、長々と書いてるけどさぁ、結局ストーリーとキャラが合わないってだけだろ。つまり、ストーリーを変えるか、キャラを変えるか、両方変えるかの3つしか選択肢は無いんだよ」
『ヘラヘラと嗤いながら平気で人を傷つける正論を吐く』をイメージして書いてみましたが、中々難しいですね。ヘラヘラ感が特に。あんまり露骨にヘラヘラすると小物臭が出てしまうから、控えめのほうがいいかも。

のっけから無礼な書き出しをしてしまって申し訳ありませんが、意見の大筋は以上の通り、「キャラとストーリーのどっちかor両方変えるしかないのでは？」

ストーリーを変えるなら、アナーキズムあふれるピカレスク小説的なイメージでしょうか。そもそも自分と大切な人以外どうでもいいってのはダークヒーロー・アンチヒーロー系ではよくあるキャラですし。ハッピーエンドも無理ではありません。頭に「彼らなりの」が付きますが。

キャラクターを変えるなら、一旦主人公の設定をゼロまで戻して、素直にストーリーに従うように再構築。ある意味一番オーソドックス。
旧主人公のキャラは、十分濃いし思いいれもあるようですから、忘れずに取って置いて別作品で使うと良いでしょう。

両方変えるなら、少しずつ歩み寄らせる感じ。
最初は主人公の暴走をある程度許しておきますが、どこかで主人公にはある程度丸くなってもらい、ストーリーの本筋に復帰する。
丸くするには、それまでの方法では解決できない障害を与えればOK。
社会性皆無なのが主人公の弱点と言えますから、彼個人の力押しで解決できない問題にヒロインを巻き込んで痛い目見させれば、改心のきっかけとして十分。

どれを選ぶかはご自身の好みでどうぞ。
迷うなら、ストーリー変えとキャラ変えの両方をやって2作品書くのがよいかと。