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>ですが、作者である藤子・F・不二雄氏は「ドラえもんが主人公で、のび太は副主人公」と言っておられたそうで。

それは知りませんでした。作者の真意は推測するしかありませんが、漫画の場合、最もキャラが立っている存在が主人公というところもありますからね。オバＱと正太、怪物くんとヒロシなら、オバＱと怪物くんが主人公という感じがします。ドラえもんとのび太はそれらと立ち位置が似ているので、ドラえもんが主人公という感覚もわかる気はします。
ただ、正太・ヒロシよりのび太はかなり個性的だし、ドラえもんはストーリー上ではのび太の相談役に徹しています。
そんなところから生じる見解の相違ではないでしょうか？

主人公というのは、必ずしも「イコール最重要人物」ではないんですね。ストーリー進行の軸を誰に置くかということだと思います。それによってストーリーの構成の仕方が変わってくるので、主人公についての考え方は読者にとってはわりとどうでもよいことかもしれませんが、創作する側にとってはけっこう必須の思考だと思っています。

「主人公」の定義にもよりますが、創作論的にはのび太が視点人物（ストーリーの大筋では、のび太寄りの目線からドラえもんや他のキャラをみている）なので、まあ、のび太が主人公だと思います。

なんちゃって哺乳類
かな？
せっかくだから対象を変えて考えてみます。
一例は「幽霊は哺乳類である。〇か×か。」
他にもエルフ・幽霊の部分にいろいろ代入できますよね。吸血鬼、天使、妖精など。
これらは必ずしも設定や定義が明確ではない点が迷うところです。
例えばゴジラなら恐竜から進化したという設定がはっきりしているので、（恐竜が爬虫類なら）まあ、爬虫類として異論は少ないかと。
しかし、人間に似た姿をした人外はそういう設定があいまいなことが多いので、エルフあたりは言われるとナルホドちょっと考えてしまいますね。
吸血鬼は元人間という設定が明確なので一応哺乳類と言えそうですが、現状では生きていないのでやや微妙。
幽霊も元人間ですが、あれは人間の霊魂が分離したもの。人間の血液は哺乳類ではないように、幽霊もたぶん哺乳類ではなさそうです。
天使・妖精は人間の姿で現れますが、元々人間だったわけではないので哺乳類ではないでしょう。生物学的分類を超越した存在なのだと思われます。
で、エルフですが、人外とはいえ生物ではあるのだろうと思われる特徴が多く、生物ととらえてよければ霊長類である可能性が高そうに見えます。しかし、一見そうみえるけど実は爬虫類とか両生類とかから進化したものと強引に設定できななくもない気もしますし、大野さんが仰るように半妖精的な存在にも見えるので、その場合は上記の天使・妖精カテゴリーになります。
だからエルフは、哺乳類の特徴を備えていそうに見えるけど哺乳類じゃないかもしれないもの、といったところでしょうか。

>キャラクターは『何がしたいか』を明確にしよう。

それは漫画で言えばいわゆるストーリー漫画の理論です。ストーリーはキャラの行動で表現するものなので、何がしたいか明確な方が読者がついてきやすいよという話。

ボボボーボ・ボーボボは不条理系のギャグ漫画。あの手の作品はむしろ「キャラが何をしたいのかサッパリわからない」という方向に全力で振り切るのがウリなので、そもそも面白さのポイントが根本的に違うんです。
そういう意味で言うなら、

>『何がしたいか』が意味不明であっても魅力的なキャラは描けるし面白い作品も創れるってことなんですか？

はい。創れるってことになりますね。
ただし、自分（作者）が何をやりたいのかを間違えると失敗します。