作中にトヨタのプリウスやアクア、ホンダのフィットなどの車種をそのまま名称で出していいのですか？の返信

一言で答えれば、グレー。
ただ、レースとか車関係の漫画とか見てりゃ実在の車種がバンバン出てくることからも分かる通り、別にダメではない。
正しくは権利元に許可を取ってから使う、というのが商業での一般的なものだと思うけど、
同じような事で言うと二次創作なども本来は権利元に許可を取ってから使うというのが商業的には一般的。
でも二次創作、ようは同人誌を描いてる人はそんなんいちいちやってないし、というのもこれは親告だから、権利者が自ら告訴しないと裁判にならないため……
まあつまり、本来はダメなんだけど、権利元が何も言わないならギリOKという暗黙のもと、二次創作ってのは行われてる。
これは出版社側としても若手育成の面からも厳しくはしないって言ってた気がする。
だから、そういう文化が通じないディズニーなんかはすっごい厳しいって有名でしょ。
本当は別に厳しいわけじゃなくて、利用するなら許可取るのは当然だし、許可出す以上は相応の利用料を取るのは当たり前ですよね、というのが商業的には常識ってだけ。

車種についても基本的な考え方は同じだと思うので、本来はダメ。でも権利元から大クレームが来るような内容でなければ、少なくとも国内では問題にならんので、ギリOK。つまりグレー。
まあ、人のモンを扱う以上はそこに敬意なり気遣いがあって当然なので、そういう常識的な行動が取れるのであれば問題になることはまずないから、遠慮なく使っても良いと思う。

車種を明記しない場合の書き方。
作品による。
それこそ峠レースや車のメカニカルな話題が主な作品の場合は、書かなきゃ成立しないこともあるので、なんとか書く方向に調整するし、それでも明記しない選択をするなら参考元の車種がなんとなくわかるような形での創作ネーミングにする。
でも、まあ、わざわざ車種についてのお悩みだから、普通の一般ラブコメで出てくるサブキャラの愛車程度の位置づけってことはないだろうけど、
そのくらい軽い場合は、そもそもそれは車種を書く必要がないので、ワゴン車とか黒いセダンとか、その程度で良い。というかこの程度なら車種は書かないほうが良い。

一応、私は車にはめっぽう弱くて、いま「黒いセダン」と書いたけど、「セダン」ってのがどんなものかわからずググったくらい。ぶっちゃけ商品名かと思ってた。
そういう読者に「トヨタのプリウス」とか言っても伝わらん。
言い換えると、
「複数の車種を明記していく」ってのは、ある程度車に詳しい人を対象とした作品になる。
ということは、内容はもちろん「車ないしモーター関係」に詳しい内容になる。
漫画ならこういうのは絵で表現できるからある程度、読者に求める知識の敷居は低いけど、小説は文字だけなので、読者層を限定した作品でなければ車種を書いてくようなことは不要だと思う。