句点は文の終わり、読点は文中の切れ目を明示するもの

　句点は文の終わり、読点は文中の切れ目を明示するものですよね。

> 1.句読点を付ける位置というのは、難しいものだと思いました。

　読みやすくするための、ごく普通の読点だと思います。読点が何らかのニュアンスを加えることはなく、ちょっとした息継ぎ程度といったところでしょうか。

> 2.句読点を付ける位置、というのは難しいものだ、と、思いました。

　あまりありません。奇妙に感じます。「と」は以下のようにどちらかにくっつけておくのが普通でしょう。

2'. 句読点を付ける位置、というのは難しいものだ、と思いました。

「、と」とすると、読点以前の部分（だけ）が台詞（または独白、以下同じ）のように感じる効果があります。読点でカギカッコに近い印象、効果になるわけですね。

　上記のようにすると入れ子の台詞的で、まず第一の台詞「句読点を付ける位置」があり、それを受けての第二の台詞「というのは難しいものだ」があり、その二つをまとめて台詞にして、「と思いました」と地の文になる感じです。これがくどい感じがするなら、

2'-1. 句読点を付ける位置というのは難しいものだ、と思いました。
2'-2. 句読点を付ける位置、というのは難しいものだと思いました。

としておけばいいでしょう。台詞的な部分を一つにしておくということですね。

　これを「と、」にすると以下のようになります。

2''. 句読点を付ける位置というのは難しいものだと、思いました。

　1とは違ったニュアンスになります。うまく言い表せませんが、読点までを一気に言って、改めて「思いました」と続けたような印象になります。断言しようとして、思い直した感じでしょうか。例えば、続けて「考えました」か「嘆きました」かと迷い、無難に「思いました」を選んだ感じかもしれません。

　この2''で、最初の「位置というのは」は「位置と、いうのは」とは、普通はしないと思います。理由説明としては、「という」という語句の特徴と申し上げるしかありません。

　なお、この「という（と言う）」国語辞書を調べると「連語」とされています。連語はおおむね、読点で区切ると不自然な感じになるのかもしれません。口語では一気に言いますから、書き言葉にしても区切りにくいのかもしれません。

> 3.句読点を付ける位置、というのは難しいものだ。と思いました。

「句読点を付ける位置」で言葉が途切れ、「というのは難しいものだ」と続けた台詞があり、その台詞内容を「思った」という感じです。かなりたどたどしく喋った感じです。

　このような「と思いました」の前を句点（。）で区切ると、本当はつながっている一文をぶった切るかのような、かなり特殊な感じがします。口語ではかなり間をおいて、思い出したように言葉をつなぐ感じです。そういった効果を狙うのでない限り、避けておくのが無難のように思います。

> 4.句読点を付ける位置、というのは難しいものだ。と、思いました。

　3に加えて、「と」と言ってからすぐに「、」で区切っており、かなりポツリポツリとたどたどしく喋っている感じになっています。3でも効果が薄いと感じたとき以外、避けておいた方がいいでしょう。

> 5.句読点を付ける位置。というのは難しいものだ、と思いました。

　3と似ていますが、「句読点を付ける位置」で言葉が『完全に』途切れ、「というのは難しいものだ」と続けた台詞があり、その台詞内容を「思った」という感じです。3でも効果が薄いときのみに用いるべきでしょう。

　まとめますと、「句読点を付ける位置というのは難しいものだと思いました。」という文に読点を付け加える場合、

A.句読点を付ける位置というのは、難しいものだと思いました。

は単に読みやすくする普通の方法、

B.句読点を付ける位置というのは難しいものだ、と思いました。

とすると、「と思いました」より前の部分だけが台詞的になる効果で、この二つがよく使われるように思います。台詞的になる部分を限定することもでき、

C.句読点を付ける位置というのは、難しいものだ、と思いました。

とすると、「難しいものだ」だけが台詞的となります。

　その他のパターンは、何らかの特殊効果狙いと考えておけばいいかと思います。特殊といっても、狙って使えば効果がありますから、単に忌避しないことが大事ではないかと思います。