ヒロインの性格が先に決まってしまい、それに合った主人公の性格が思いつかない (No: 1)

それってそこまで問題あります？
この二人は合わないだろうなと客観的に思うキャラ同士が、あることをキッカケに絆を深めるみたいなシチュエーションは山ほどありますし。

それに主人公の性格が形成されないのは、単純に設定を付与していないからでは？

主人公が今までどう過ごしてきたか、というエピソードを考えてみてください。
おそらくヒロインの方も「こういう性格にしたい」という好みが先行して、どうしてその性格になったのかの掘り下げをしていないのではないでしょうか。

ごく普通の高校生ってよくラノベとかでもいいますけど、
普通をテーマに置くということは、その高校生が普通ではない体験するというエピソードへの伏線みたいなようなものです。

普通の高校生だからその二人のヒロインに合わないのではなくて、普通の高校生に普通のことをやらせているからではないですか？

小悪魔ヒロインは積極性から、主人公をなにか事件に巻き込む
清楚系ヒロインと主人公は、第三者からなにかに巻き込まれる

そこからのエピソードはスレ主さん次第だと思います。
何かしら事件をそのヒロインと主人公で起こして、窮地に立ったときにどう行動するかでキャラの性格を決めてもいいかもしれませんよ。

性格面でヒロイン二人と同時に噛み合う主人公にする必要はないです。
例えばヒロインが「清楚・家庭的」として、サブヒロインを「小悪魔・いたずら好き」と考えたとして、主人公は「騙されやすい性格・料理が得意」と考えられます。
小悪魔なサブヒロインに騙されやすい性格なので相性がよく、料理の話題で同じ台所に立てるので家庭的なヒロインとも相性が良いです。
性格と趣味はほぼ関連性がないので、それぞれ別々の要素で相性を作り、一つのキャラを組み立てれば、それぞれと相性のいい主人公像は作れます。
このポイントは「騙されやすい性格」がサブヒロインと相性いいので「主人公がサブヒロインに騙されてる場面・からかわれてる場面」が「サブヒロインのキャラを立てられる場面」で、一方、「料理が得意」がヒロインと相性いいので「主人公と料理をする・食事をする場面」が「ヒロインのキャラを立てられる場面」になる、と把握できることです。

要するに、ヒロインの要素のうち他キャラと被らない場所で相性のいい要素を主人公に与えれば良い。という事になります。
性格だけに限定せず、生い立ちなどの過去や将来なりたい職業など未来の願望など、あるいは趣味や学業などの成績でも相性は作り出せます。
これはもちろん、物語次第で「話題にあげられる頻度が高い要素」で相性を作ったほうが良いです。
料理がテーマの話なら「料理好き」は出す機会が多いのですなわちキャラを立てやすい要素になります。

当然のこと「性格」は物語を問わず話題に上げやすいので目立たせたいキャラと相性を作るのが良いですが、しかし一方で「ヒロイン」は物語の内容に関係してくるからヒロインなので、正直性格的に相性を気にしなくても物語的に目立つので、相性で気にするならサブヒロインを優先したほうがキャラが立つ、とも考えられます。

例えると、まあ性格も相性もあったもんじゃないけど、ピーチ姫はクッパに拐われるのが役目で、それを助ける話が『スーパーマリオブラザーズ』なわけで、「拐われる」というだけで性格の相性とか考えなくても「物語的に目立ってる」わけです。
なので、ヒロインはなんもしなくても物語的に目立つ事が多いため主人公との相性は考えなくても問題ない場合も多いです。
こうした場合、サブヒロインよりヒロインを優先してしまうとヒロインが目立ちすぎてサブヒロインは空気になってしまうので、ヒロインは物語的に目立たせてサブヒロインは主人公との相性で目立たせ、同じ強さで二人をプッシュする、という感じにできます。

または、同じような理由で「主人公の性格」はヒロイン・サブヒロインのどちらとも相性を作らず、趣味や成績などで相性を作りフェアな演出をするという考えもできます。
ぶっちゃけヒロインもサブヒロインも女性ってだけである程度は読者の興味を引けますが、対して男性キャラというのは正直読者の関心を引きにくいです。このため、「性格的に相性がいい」キャラは目立たせたい男性キャラにその要素を与えて（例えばライバルキャラなど）印象的にするといった考えもできます。
男性キャラが多く出てくる少年漫画だと割とこのタイプですね。

　人間、相手によってキャラ変えて接するのなんて普通のことなので、いいとこ取りすりゃいいんじぇねえのと思いました。例えば、清楚ヒロインに絡ませるには強気にグイグイ行けるキャラのほうが都合がよくて、小悪魔ヒロインを出すなら振り回されるキャラのほうがおいしいよねって思ったのなら、「清楚なサブヒロインの前では気が大きくなって強気な態度に出られるけど、小悪魔なメインヒロインには及び腰になってたじたじの主人公」にすればいい。別にキャラがぶれてるわけじゃない。人間ってそういうものだ。
　なんでサブヒロインの前では強気に振る舞えるのに、メインヒロインと一緒だと調子がくるってうまくいかないんだろうか、って悩みを起点にだんだんメインヒロインを意識するようになって恋愛感情に発展していく……みたいにすればラブコメ展開も自然だし、小悪魔子のメインヒロイン性も際立たせることができる。悪くないんじゃないのかなと。
　そもそもヒロインに限らず主人公は長編になればなるほど色んなキャラと接する必要があるので、多面性を意識して誰とでも合わせやすい人物造形にしとくのが無難な気もする。性格とは若干別次元の話になるかもしれないけど、誰とでもそつなく会話を回せるキャラクターというか、主人公に求められてるのはそういうスキルなんじゃないのかなと。