設定や構想が既存のものと似通ってしまうの返信

人それぞれの考え方はあるでしょうが、オリジナリティは、つまるところ創作者個人が反映されたことで生まれると私は考えております。

まず最初に。
『誰も見たことも、聞いたこともない』
これが出来れば最高なんですが、どの世界にも前人が星の数ほどいらっしゃいますし、そういった代物がそうそう浮かぶことはありません。
新しいアイデアだと思っても実は既に存在していた、なんてことはクリエイターの世界ではつきものです。（話しがそれますが、逆算しても全く同時期に閃いたとしか思えない不思議な現象シンクロニシティも結構あります）
才能溢れた人が一生を捧げるつもりで取り組んで、ひとつ生まれるかどうか。そういった類いのことです。（だからこそ諦めずに追求して欲しいのですが）

>既存と既存を組み合わせるとオリジナルが生まれるみたいなことを聞いたことはあり

これは俗にいう苺大福方式です。
ただ、この方式はセンスも求められます。
余計解りにくくなったかも知れませんが、苺と大福を組み合わせるというのは、味覚のセンス抜きでは成し得ません。
組み合わせの発見もさることながら、加えて苺を入れた時点で品種によって変わる酸味に逢わせて餡子の味も調整しないといけませんよね。
単に苺を放り込んだわけではなく、製法がある以上は苺の品種選別から、餡子の調整まで様々な知識をベースにした苦労があったはずです。
これらが技術で、組み合わせの発見がセンスです。
技術は数をこなせば身につくんですが、センスは磨いてこそ身につきます。

>超有名どころの二番煎じが出来上がりました。

これは既存作品をそのままインプットしているからだと思いますよ。
物語というのは『ここが似ると、どうしても既視感が出る』というポイントがあります。既視感があると訴求力が極めて弱くなります。ことは単純『だったら元作品なり、その作者が書いた作品を読めばいい』こうなります。

好きになった作品があったら、それを咀嚼して消化して、エキスだけを血肉としてインプットしなければいけません。
そうしたリームさんという著者個人を反映していない場合、それを参考にしても似てしまうのが必然です。
Fateなら『どのルートが好きなのか？』から始まって『どういうところが好きなのか？』『なぜそれが好きなのか？』特徴的なポイントとなる部分を意識的に排除しながら、元作品を徹底的に分解してからインプットして下さい。
影響を受けた元作品は氷山の一角。その下の水中にある見えない部分を自分なりに想像するのも手です。
いずれにせよ、インプットには必ず自分の感じたことを。

>独創的な発想というのは、どうすれば身についていくのでしょうか。

ここまで書いたことも関係するのですが、もちっと砕いて書きますと、
１）こだわり
２）熱中できること
３）経験

オリジナリティには、これらも重要になります。
どれもが、リームさんが他の人と異なるはずの部分です。
１）も２）も趣味趣向に関係しますので、読者へのアピールポイントや執筆されるときに力のいれ具合が他の人と異なっているはずです。
そういった違いを、さらに３）で補完して、リームさん個人を作品に反映させる努力を続けていくことでオリジナリティが出てくるようになるはずです。

>主人公が「誰が」「何のために」「どうやって」転生させた

これ、基本的には物語のスタート地点です。極論『あとまわし』のままプロットを書き進めることが出来るように思います。
「誰かは不明」「何のためにも不明」「家を出たら車にひかれて転生した」
これが良いとは口が裂けても申しませんが、こんな作品も星の数ほどありますよね。転生ものは転生してからが本番で、読者の求心力をつかむひとつはストーリーの方向性を照らすことです。

もちろんスタート地点から物語全てに影響を与えるという物語にすることも出来ますし、実際プロ作品ではそういった作品が主流です。
ただ、プロットならば一行目からの展開に固執して悩まれるよりも、全体の骨子を作られた方が良いように感じました。

>現在、「異世界転生」ものに初めて挑戦しようとプロットを組んでいるのですが

私は執筆はしませんので失礼な話しではありますが、異世界転生ものには基本形といえるパターンがあります。
（Ａ：どんな人物が）
（Ｂ：どんな世界で）
（Ｃ：なにをする）

この中からＡだけを決めて下さい。
はい、ここで高校生が、なんてやったらダメです。
そうじゃなく『○○の特技をもった人』や『○○に詳しい人』という異世界で活躍できる要素です。なんならリームさんの特技を当てはめるのも手です。（こういってはナニですが、書きやすいはず）

ちょいやってみますね。
（Ａ：両親が喫茶店をやっているので主人公はその手伝いをしている。人並み以上に詳しいし、基本的な軽食メニューぐらいなら作れる）
次にＡの活躍の場を作ります。
（Ｂ：そこそこ文化度が高い異世界。朝晩二食の習慣）
（Ｃ：帝都と呼ばれる都で生活のために喫茶店を始める）
ＢとＣはＡの依存関係でもありますので、Ａが決定するだけでかなり絞り込めるはずです。
このままじゃ捻りもないですし、直線的ですのでストーリーを盛り上げるための工夫、ヒロインとの出会いやら、店の場所を借りるまでに冒険要素を入れたりという肉付けが必要ですが骨子だけは出来ますよね。
基本形はあくまで基本形。いくらでも肉付けなり変更ができるはずです。
リームさんの設定なら（Ａ　）の部分、『主人公はなぜ異世界で活躍できるか』という優位静、他者との違いがポイントになってくるのではないでしょうか。

プロットの切り方なんて人によって様々でしょうし、書かせて頂いたことも一例です。試行錯誤してリームさんのやりやすい方法を発見して欲しく思います。

ちょい長くなりましたが、執筆頑張って下さい。
おもしろい小説おまちしております。