話の筋を作りながら物語のテーマにぶち当たるまで思いつくままに書いていていいんでしょうか？

別の場所で関係ない人の名前を出すのは気が引けるので名前は伏せますが、添削板やプロット相談板で同じ考えの人がおりましたよ。
また、自分は障害を持ってて障害をテーマに文芸ではなくライトノベルを書きたいという話を相談板でたまに見かけたりもします。
自分が悩んできたことだから、それを表現の場でぶつけたいというのは至って真っ当な思考で、何も問題ない事です。
ただ、心配している通り、１０代にはやや重いテーマだと言わざるをえないでしょう。
このため、「ライトノベル向けにアレンジ」していくことが重要です。
でなければいくら「ラノベとして書いた」と言っても、やっぱり自分が体験してきた事は色濃く書いてしまうものですから、「説教臭い教育本」みたいな印象を読者に与えてしまいます。
このアレンジのコツは、「書きたいこと」をあんま主張しないことです。
障害者を書きたいなら、まんま障害者を出してしまうとダイレクトすぎて「教育本」に近くなってしまう。
アレンジするのなら、別の形に表現を変えたほうがいい。
例えば、「他とは違う変わった感性の種族」を登場させて「障害者」の象徴としてこの種族を書いていく、という具合。要するに「アスペルガー族（仮）」を出して、彼らの苦悩を書いたほうが良い。
それで言うと、「主人公がアスペルガー」というのは直球すぎて上手くないかなと思います。
誤解を招くと思うので補足しておくと、別に「アスペルガー」を出すのが悪いというわけではないです。
「アスペルガーについて書きたい、よし、主人公がアスペルガーってことにしよう」というのが直球だ、と言ってるだけです。
これだと、アスペルガーについての主人公の苦悩とか、体験などを参考に直球で主張しちゃうでしょ。
それはドキュメンタリーや体験記など「教育本」に近いテイストですよね。ライトノベルとは言いつつも（作者はラノベだと思ってても）その実１０代向けに書いた説教臭い教育本ってことになっちゃいます。

以上のことから、「主人公がアスペルガー」というのは、これ自体は問題ないと思いますが、今回の主旨を考えると直球すぎてマズいだろうと思います。

書き方については、ぶっちゃけ人それぞれなので、良いも悪いもありません。
ただ、私は貴方の師匠と仲良くなれそうだと感じます。
私はよく「主旨」という言葉を使うのですが、意味はおおよそ「テーマ」と似たようなもんです。
私のテーマについての持論は「物語は紆余曲折を経てテーマに至る」というものです。
要するに、テーマは最後に来る、という師匠さんと同じ意見だろうと思います。
この考えは至って単純で、だって、物語って「テーマを語ってる」わけでしょ？　だったら最終的に行き着く場所は「テーマ」そのものでしょ。
「絶望」がテーマなら「絶望するラスト」じゃないとおかしいよ。
これが「希望を見出し絶望に立ち向かうラスト」だったら、そりゃ「絶望に立ち向かう」ことがテーマになる。
ってことは、テーマというのは結末に直結するわけで、物語は最終的にテーマへと至るわけです。
だから、下手でも適当でも行き当たりばったりでも、最後まで書ききれば、そこにテーマはあるんです。

すると、その見えてきたテーマから逆算して、「こういう結末だから、途中でこういうシーンを入れたほうがいい」とか「テーマを考えるとこの展開は相応しくない」とか推敲でパッと手に取るようにわかる。
ものすごい楽に物語を整えることができます。

また、いくら楽だとは言っても、テーマを探るためだけに長編を一度書ききるというのも苦労がありますし、正直とても非効率です。
だから、「執筆しなくても物語の全体図が把握できる」というために、「プロット」ってモンがあるんです。
今、師匠さんに言われた通り、書きたいことを書きまくってるのだとしたら、今はそれで良いと思いますが、結局のとここの行為は「物語の本筋を探る」という行為だから、別に無理して長編一本まるまる書ききる必要はないんですよね。
それを短く簡略化して、単行本一冊あたり原稿用紙２枚程度にまとめてしまえば、ずっと楽に話の筋をつかめる。
原稿用紙二枚程度とは言えオチまでしっかり書いてるわけだから、これだけでテーマは把握できる。
でももちろん、これは物語の書き方に慣れてからの話で、師匠さんが言うとおり「面白くなくてもどんどん書け」というのは正論で、どこも間違っていないと思います。
私が言ってるのは「慣れてくれば、主旨を短くまとめることも可能だよ」という話でしかありません。
提示されたあらすじを読む限り、竹牟礼さんは適当でもいいから最初に一本の話を書いてしまったほうがいいでしょう。
物語をまとめる事に慣れてない様子ですから。

面白くなかろうと話の筋ができていれば、話としては成立してる。
だったら、推敲で面白くなるように修正すればいい話でしょ？
いまやってるのは、土台を作ってるってこと。面白い話を作ろうって作業じゃない。
だから、読み返して面白くないのは当たり前。
でもそれでいい。
書き切ったあとに、推敲して、このとき面白くしていけば何も問題ない。
当然、そんな作業は書いてても面白くないでしょうから、さっさと書き切ってしまうために、「面白さなんて気にせずどんどん書けばいい」ってこと。
設定の矛盾とか話の整合性とか、そんなのさえ気にしなくていい。
どうせあとで修正するんだから、気にして悩んで筆を止めることがどれほど馬鹿らしい事か。
でもまあ、そういうのは自分で気づいてこそだと思うので、物語をより良くしようと悩むこと自体は悪いことではないし、今は悩んでもそれは次の糧になるだろうと思います。