追記
元記事を読む
一応、試案も(元記事)
一応、試案としてなら。
微精霊なるものは、本来、人に近い姿をもっているのだけれど、人間の方の知覚の限界で光の玉のようにしか見えないとする手もあるかもしれません。で、契約者（の魂）は一度体を失い、洗脳され、最後に主人公の微精霊から体を返してもらうという流れなので、そんな経験をしたために微精霊の本当の姿が見えるようになった、という感じ。
このストーリー
で、微精霊は、
＞唯一の友達だった微精霊が
とありますから「光の玉」の姿でも最初から契約者と心の交流があったわけで、仮に姿かたちはなかったのだとしても「人格性」はあったことになります。
なのでこのストーリーはおそらく微精霊（主人公）の魂と契約者の魂が係り合いをもつ物語で、彼らが契約者の肉体を何度か入れ替わって使う顛末と考えればいいんじゃないかなと。
あと、主人公は契約者の肉体ではなく一時中に入っている微精霊なので、最後に人の姿になった方が続編が作りやすそうですね。
追記
投稿者 あまくさ 投稿日時： : 0
もう少し凝った設定にするなら。
１）精霊と人間は、本来はどちらも心と肉体が融合した存在。
２）しかし精霊は心（スピリチュアル）の成分比率が強く、人間は肉体（物質）の成分比率が強い。
３）そのため通常の人間は精霊の肉体を見ることができず、光の玉のように見える。
４）契約者は敵の特殊な能力によって、心と肉体が分離してしまった。
５）微精霊は、契約者の心と交流があったため、空き家になった彼の肉体と一時的に融合することができた。
６）ここで、契約者の心の方はどうなったの？という疑問が生じます。敵が何かの計画に利用するために、仮の肉体を与える感じでしょうか。
７）ラストシーンで微精霊の心と契約者の肉体が分離する。（契約者に肉体を返す）
８）先の試案では契約者側が成長して微精霊の希薄な肉体が見えるようになったとしましたが、
９）微精霊側が契約者の肉体と融合していたことによって、彼の側の肉体性が強化され、契約者に似た姿で実体化した。
とする手もあるかもしれません。