場合によっては非常に重い題材の返信

いいですね。普遍的なヒーローものの面白さを感じさせて頂きました。
と、ご質問の前にひとつ。
水を指すわけではありませんが、御作には更に超えなければならないハードルがあります。

>不慮の事故で下半身不随になった女の子

おおよそ読者には『脊髄損傷』というほぼイコールで括る症状が思い浮かぶと思いますが、これは数年前から治療可能になってきています。

幹細胞を利用した治療そのものは大きな報道にもなりましたし、ご存じかと思いますが、現在では札幌医科大とニプロの共同でステミラック注という薬剤があります。
薬価も決定し、つい先日より重傷の脊髄損傷を回復させる治療が、条件付き承認ながら保険適応、おおざっぱには特殊な治療の範疇から「誰もが受けられる治療」へと変化してきています。
簡単にまとめられたページをご紹介しておいきます。https://www.nhk.or.jp/ohayou/digest/2019/04/0413.html

冒頭に書きました『更に超えなければならないハードル』というのは、読者にすれば「なぜ普通に治療を受けずに、怪人に？？？」という、かなりやっかいな疑問です。
ひと言で言えば、数年前には使えたネタが現在は使えない、更に年月の経過と共に陳腐化してしまう。（読者が楽しむには”いつ執筆されたか？”と”作品の時代背景は？”が重要です）

こういった『現実に引っ張られる』という現象は、特に推理小説でよく見られますが（科学捜査全般、たとえばDNA鑑定・推理ものにかなりの制約を与えました）ある種フィクションに付きものの超えなければならないハードルです。
とはいえ致命的なことではなく、手直しで回避可能な状況にあると思いますので、設定の変更をご一考ください。

では本題。
個人的には、
小説としては①
子供向けヒーロー番組の脚本としては②
でしょうか。

ダニエルさんが仰る通り、小説としては①の方が面白くなりそうな感じです。
個人的には（読者として）フォロー必須という感じはしませんでした。
感想として理由を書きます。
【少女が敵の幹部にパワーをもらったということだが、代償の予測が不足している。怪人が気まぐれで親切心を起こしたとでも思ったのだろうか？　最悪の代償を予測すべき】
【最悪の代償を予測していた上で、「それでもなお」と選手復帰を望んだ（この気持ちはよくわかる、が）のなら、それもまた因果応報。個人の自由を他人の自由で埋め合わせしようとしたのだから粛々と結果を受け入れるべき。ヤラレロ】
いや、まぁ、我ながら冷たいと思いますが＾＾；

主人公側の正当性に対するフォローならば、船を襲わせる前に夏の高校野球地方大会決勝戦に乱入させて球児を襲わせましょう。
いや、冗談です。
でも「目標に打ち込む選手」という、嘗ての少女の姿とオーバーラップする対象に危害を加える時点で、それは一生懸命であった自分をも裏切る行為ですよね。
襲った客船に乗っていた人も、唯々諾々と生きていたのではなく、なんらかの人生の目標がありますから、高校球児を襲わせるのと同じだと思うのです。
更に解りやすくさせるなら、こういった事由を少女に悟らせ、自分から征伐を嘆願させるってのも方法かと思います。ただ、これではあまりにも安っぽくなりますので、アイデアを絞られることを望みます。

②については【ウチのチビに見せるなら、こんな番組がいいな】です。
箇条書きで。
導入部、略
少女は敵の幹部を訝しみながらも、水泳に打ち込む熱意が勝った。（少女としては、敵の幹部というより悪魔と契約する気持ち。怪人という認識は無い）
再び水泳選手として復帰し、再起は絶望といわれていた少女が復帰したことで世間の話題になる。
主人公は報道を喜びながらも、絶望的状態から復帰したことに引っかかりを覚える。
少女は自分を助けてくれた敵の幹部から、パワーの再補充を理由に「港まで来い」と呼び出しを受ける。
港に行ったところ、折しも怪人による事件が起きる。大きな被害が出る前に現場に到着した主人公により事件は沈静化。（怪人と共に敵の幹部がいたところから、少女は事情を察する）
一方、現場近くに姿があったことから、主人公は少女への疑いを強める。
疑われるなか、少女は自ら主人公に接触し、怪人の情報を伝える。
怪人を倒すことで少女の未来を絶つことに悩む主人公。
悩む主人公を不思議に思う少女。
主人公は、怪人を倒すと再起不能に逆戻りするだろうことを教える。
少女は水泳選手としての道を絶たれることを理解しながらも、怪人を倒してくれと主人公に頼み、悩む主人公の背中を押す。
主人公が怪人を倒す。
後日、プールサイドには子供たちをコーチする、車いすに乗った少女の姿があった。
新たな人生の目標を設定した少女を見て、安堵する主人公。

と、チビに見せるならこんな感じでしょうか。
ぶっちゃけ解りやすい勧善懲悪と、間違いを犯したときの修正、正しく生きるというのは親として気になるところです。

ではでは、執筆頑張って下さい。
応援いたします。