物語り（主人公サイド）の目的の明確性と数の返信

突き詰めて考えると、１も２も大して違いません。
少年向けの物語にこだわらずに考えると、要するに「主人公が世界を救うために旅してる話（大目標）」か「サザエさんやドラえもん的な毎回ないし章単位での目標を達成する話」か、という事かなと思います。

まず、向き不向きで答えると、確かに市販のラノベには２の小分けするタイプが多いです。
これは商業的な話で、つまるところ本には「一巻」という区切りがあるのでそこで話が一段落したほうが「一冊だけで楽しめる」ために売りやすいし買いやすい。
例えば「とあるシリーズの二巻目」と言ったら「こういう内容だ」とすぐ答えられるでしょ？
読者の記憶にも残りやすいため、長期シリーズであるほど小分けする傾向があると思う。
また、サブヒロインという概念の登場によってピックアップする話題が増えたというのも話題を小分けする一因になっています。
「とあるシリーズ」はそれが顕著で「一巻はインデックスの話」「二巻は姫神の話」とピックアップするキャラクターが存在してる。
キャラを書く場合はこのように「そのキャラの話」を書くのが手っ取り早く印象に残るので、自然と「小分けする」という形になります。
市販のラノベには小分けする方法が現代のニーズに合っている、と言えます。

一方、「大目標」の場合は、２０年くらい前のラノベ業界ではよく見られた形なのですが、そもそも物語が小分けされず週刊誌の連載のように「話の途中で次巻へ続く」だと、３ヶ月の新刊頻度でも読者は飽きやすく、一巻飛ばすとわけがわからないし途中の巻から読むことも出来ず、キャラクター性も長いこと読んでないとわからないので、少なくとも現在のラノベの出版における「本」という形に噛み合わない。

これが可能なのは、三ヶ月（印刷所の関係でラノベは新刊に三ヶ月かかる）の新刊が出るまでの間に読者を飽きさせない物語、例えば流行作品で原作以外にもアニメや漫画などで読者の意欲を維持できる。例えば固定ファンが多い大作家で向き不向きを考えなくても売れる作家。そもそも「三ヶ月」という新作スパンをもっと短くできる週刊雑誌連載の漫画など。
といった形になります。
なので漫画には「大目標」の物語が多いわけですね。

そして、現在は週刊誌よりも短いスパンで新作を提供し続けることが可能な媒介があります。
Web系作品ですね。
ただ、Web系作品は読者層も「あまり難しい作品を好まない」という傾向があるので、一話完結の掌編集に近い形にする事も多いですし、壮大な話が可能というほどでもありません。
掌編集、つまり「主人公が何かしてオチがある１話」「その結果から何かが起こってどうなったという２話」と、「小分けするよりもっと小分け」してる感じです。
ここまで区切ると「短編サイズで目的が小分けされてる」と感じず、「大目標が一つしかない」というように見える。
これが顕著だと思ったのは「無職転生」というWeb小説です。
序盤は倒すべき敵も何をすべき目的もない作品ですが、短い１話単位で小分けしたストーリーがあるので何もない序盤なのに面白かった。
大別すれば幼少編とか少年編とか魔大陸編や学生編、と分けられるんですけども。
単行本サイズでの執筆ではないので、書籍化された際には、それこそ２０年前のラノベ業界のように「次巻へ続く」という形の本になってます。

なので、
＞ライトノベル作品を作る場合、明確な目的を1~2つで構成するのはありでしょうか？
ありかなしかで言えばアリだし、数日単位での更新頻度が可能なWebはその手の作品の強力な武器になります。
しかし一方で「短い１話の中で何かしらまとめなきゃ（進めなきゃ）いけない」という制約も生まれるので、しんどいと言えばしんどいですし、小さくまとめるのが得意な人はむしろホームグラウンドでしょうから、ちょっとコツを覚えるだけで大長編の壮大な話が書けるでしょう。

新人賞など市販の本を視野に入れての場合、これもアリかナシかで言えばアリだけど、おそらく担当編集者に止められる。
とあるシリーズは、確かロシア編のプロットを提示したら「長すぎだからせめて二巻にまとめてくれ」と言われたって後書きに書いてあったと思う。
出版業界の商業的に、鎌池和馬ほどの売れっ子作家でもそれはストップがかかるということでしょう。
まあ、同じ電撃文庫でも境界線上のホライゾンとか川上稔はくっそ長い話を書くけども。

アリかナシかで言えばアリだけど、難しい。
けど、プロでないならWebなど方法はあるし、やりようはある。という感じです。