ヒーローと悪者の世間の認識の返信

そのこと自体を展開の一部にしても良いのではないでしょうか？
即ち、ヒーロー側も最初は秘密組織として活動していたが、戦いの規模が大きくなるに連れて拡散する情報の統制に無理が出始め、公安にも露見するまでの流れも書いてしまえば良いかと思います。
世間にとっては、最初はただの都市伝説だったのが、戦火が広がるに連れて徐々に真実味を帯び、ある時完全に露見してしまう…なんて感じです。
もしくは、世間バレの前に行政に掴まれ、その動向次第では却って世間の混乱を恐れて情報工作に協力するという展開も出来るでしょう。
或いは設定として置かれているAIがトンデモ性能で、情報工作も記憶処理も完全にしてくれるとして無理矢理押し通すのも、ご都合的ですがアリだと思います(実はそのAIこそが敵…なんてこともできます)。

政府との関係としては、ヒーロー側組織にも派閥を作り、片方は政府に取り入り、片方は現組織を維持するなども考えられます(例えば、敵組織を撃滅することに重点を置く派閥と、犠牲を出さないことを信条とする派閥。或いは、政府に取り入る事で強力なバックアップを得るか、あくまで世間への露見とそれによる混乱を危険視して政府と距離を置くかなどの対立)。
政府に取り入りながらも裏組織であり続ける場合、ある種の秘密警察の様相を呈し、正道の組織としては描きにくいかも知れませんし、ヒーロー側の過激派派閥に入ってもらうか。逆に政府が民間の犠牲を最小限に抑える指針なら、穏健派がそちらに入り、強硬派が多少の犠牲も気にせず活動する為に三つ巴になってしまう、なんてのもあります。

敵組織の世間バレへの動向については、その組織の思想に依りますが、例えば真実を知ることは世間の混乱に勝ると考えるなら積極的にヒーローの隠蔽工作を妨害しますし、あくまで機が熟すまでは裏組織であり続けようとする組織なら、図らずとも情報工作においてヒーローと協力することもあるでしょう。

何にせよ、世間バレを一つの展開として考えるのは有効かもしれません。