例えば魔導師の登場しない幼女戦記？

連投が多くなってすみません。スレ主様から特に何か無ければ、これで最後にします。

なかなか話が噛み合わなくて困惑しているのですが（そちらも困惑されているかもしれませんが）、こちらとしては想定される時代背景などの説明がなかったのでイメージしにくいというところもありました。
そこで、あくまで一例ですが「魔道士が登場しない幼女戦記」という感じで考えてみます。

あの作品の背景は、「第１次世界大戦を経過せずに第２次世界大戦が起こった世界」というものになっています。共和国や連邦は２次大戦時のフランス・ソ連に酷似し、主人公の所属する帝国は帝政時代のドイツに酷似しているという具合。武器や戦術は、魔導部隊以外は史実にほぼ近いものでした。
で、アニメ版の冒頭は塹壕戦の描写で、かなりリアルに描かれていたので魔導師の登場シーンがなければ現実の第１・２次大戦と誤認されそうでしたね。
構想されているのは、そんな感じでしょうか？

こういう冒頭だとしたら、読者（視聴者）に史実にもとづく戦争物だと受け取られてしまう可能性は高そうです。その状態でしばらく読み進み、ある程度読んでから舞台が異世界（並行世界）だと気がついたら、読者はそれまで頭の中で描いていたイメージの組み替えを迫られることになります。
それは確かに少しマズイかもしれませんね。

悩んでいらっしゃるのは、そういったことでしょうか？

そうだとして考えられる対処法は。

№３で仰っていたような「存在しないエネルギー資源とか、超能力に目覚めた新人類とか」を出してよいなら話は簡単です。（というか、それだと幼女戦記そのままですが）
しかし、そういうものを一切出さず、国名などが違う程度でギリギリまで史実に酷似していることにしたいなら。

パッと思いつくのは、例えば塹壕の中で敵情をうかがっている主人公の周りを虫が飛んでいて、その虫を実在しない奇妙な生き物にするとか、かな？
大きな世界観に係わらない些細なもので、現実とは明らかに違うものをさりげなく一つ二つ出してみるという方法を、私だったら考えそうです。超能力者や獣耳だとストーリー全体に大きく影響してしまうので、些細なものにするわけです。

そういう感じで「あれ、ここは現実世界じゃないのかな？」とまず読者に思わせておきます。
そうこうするうちに、どこかのタイミングで戦争の社会背景などを会話なり地の文なりで提示することになると思うんですね。そこまで引っ張れれば話は簡単でしょう。