作風にもよる話で、一括りにいい悪いは言いにくい問題ですね。
ドラマなども含めて、昔の作品を考えてみると（古典は物語がシンプルで考えやすい）、悪党を殺しまくっている作品もあります。最近でもスペシャルがある「必殺仕事人」ですね。この作品だと、主人公チームが悪党どもをラストで殺さないことには、話が締まりません。
必殺仕事人だけでなく、類例はいろいろ見つかりそうです。ただ、ダーク系という共通点はあると思います。
作品的な多数派としては、たとえ悪役を死なせるにしても、例えば「殺す」を「倒す」と言い換え、ラスボスを人間ではなく異形の化け物にしたりしています。やはり、主人公が悪役といえど「殺す」となると、主人公に「非情」「冷酷」といったイメージが付加されるからでしょう。
個人間バトルものの古典「ドラゴンボール」で主人公の悟空がどれくらい悪役を殺したか、ちょっと考えてみます。
・ピッコロ大魔王（初代）
→悟空が殺した。しかし、初代はジュニアを生み出し（転生を匂わせる）、以降、ライバルのレギュラーに。
・ベジータ（サイヤ人襲来編）
→悟空は撃退しただけ。以降、ライバルキャラ化。
・フリーザ
→悟空は止めを刺さず（むしろ助けようとした）、フリーザは自分の技で自滅して死亡。
→フリーザはサイボーグとして復活するが、止めを刺したのはトランクス。
・セル
→一度目はセルが自暴自棄の自爆（悟空は周辺への被害を防いでの巻き添えで死亡）。
→復活したセルに本当に止めを刺したのは、悟空ではなく息子の悟飯。
・魔人ブウ
→善と悪に分離したブウの悪のほうだけを悟空が殺した。悪のブウはすぐ、無垢な子供に転生し、悟空が面倒をみた。
確かに殺しているケースがありますが、殺された悪役はただちに転生などで蘇っています。その他のケースでは、サブキャラが殺し役になっています。
また、同作ではドラゴンボールを集めて生き返らせることもできると明示的に描写されています（さらにこの世とあまり変わらぬあの世があったり、いろいろ死に対するリカバリーがある）。
なぜ主人公が悪役を殺さないか。もちろん、主人公イメージが壊れる、汚れるといった直接的な理由は大きいと思います。しかし、それだけではなさそうです。
主人公が頑張るのは、善悪物では悪の起こす問題の解決のためです。悪がはびこるのを止めるためには悪を消すしかない。だから悪を殺す。そういうのが単純には解決を与えます。
ただ、悪を消すのは悪役キャラの退場だけではないですよね。悪役を改心させ、更生しようとする悪役を許す、というパターンもあります。これだと、主人公を聖化する感じになります。倒すより感銘度を高くできる（許しさえすればいい、というものではないですが）。
なぜなら、「殺す」より難しい「許す」ですから。聖書でも対人関係では「汝の隣人を愛せ」（旧約）から「汝の敵を愛せ」（新約）に歩を進めています。自分を殺しかねない敵を愛するって、事実上不可能だと思いますが（例えば家族を殺した殺人犯を許して愛せるか、とか）、要求水準が不可能レベルなのが宗教だったりします（多少弁護すると、「だから懺悔しよう、そうすれば神は喜んで許してくれる」がポイントだったりする）。
そのことを使った感じなのが、例えば「るろうに剣心」ですね。主人公の剣心は、初登場以前に数多を斬り殺したことになっています。しかし、ある事件を境に不殺を決意、殺さず解決することを誓ったキャラとしてスタートします。
でも、多数が殺し合った憎悪が残っているといっていい、明治維新直後の時代です。剣心がもう殺したくないといっても、敵が容赦なく襲ってくる。剣心に深く恨みを抱く敵も少なくない。剣心の大事な仲間も狙われる。
当然、剣心は再び殺すかどうかの境界線状で揺れ動くことになり、そこが作品の魅力の一つになっています。志々雄真実編（京都編）では、志々雄の信念をついに曲げることはできず、形式的には志々雄の自滅（身体が発火して死亡）ですが、事実上は剣心が止めを刺したと言っていい感じでした（そうなると分かっていて止めず、むしろ志々雄の生死を問わない奥義を繰り出した）。
しかし、何度もできる作劇ではありません。雪代縁編（人誅編）では、ラスボス敵役の雪代縁は生き残る結末になっています。雪代縁も、ヒロイン薫を拉致しても殺さなかったりするなど（薫殺害を偽装しただけ）、ラスボス側に殺されるべき理由が発生するのを回避してもいました。
あくまでも有名・人気作の一例でしかありませんが、ラスボスを殺すにしても殺さないにしても、そこを本気で描くなら、どちらも一筋縄ではいかない、なかなか難しいもののように思います。
を読んでいたら、気づいたら書けるようになってましたよ。
を書き上げたことがありません。
自体を二転三転させています。