（僭越ながら）仮にあまくさが書くとしたら

ああ、公害に気を取られて忘れていました。最初に百合と仰っていましたね。
それでも本質は変わらないと思いますが、一般論として女性主人公は男性ほど強さを期待されない面もあると思うので（それって男女差別？）、病気に苦しむ恋人役に逆に支えられる展開も有るような気もします。

それはそれとして、

＞今まで書いてきた作品は、だいたい死人が出ているので今回はハッピーエンドにしたいのですが。

という前提条件を考え合わせて推測すると、これまでの作品は愛憎劇寄りの展開になりがちだったので、もう少し正当な動機で行動する主人公を描いてみたいという感じでしょうか？　そのために公害という社会性のある背景を選択したということなら、主人公と恋人の関係は百合にしても「女性同士のバディもの」というイメージを意識するとよいかもしれません。

また、公害問題の扱いについては手塚さんが発生～収束までの詳しい過程を述べていらっしゃいますが、あれはそのあたりをしっかり調べろという意味ではないと思うんですね。単にどこに焦点をあててストーリーを組んでもかまわない（だから公害問題そのものが解決しなくても問題ない）という話であって、難しく考える必要はないのではないかと。（手塚さん、勝手に解釈してしまってすみません）

で。
主人公が公害企業に勤める方の案で考えてみます。以下は示された案から私がストーリーを作るならということで、ハイケさんの意図に合うかどうかは分かりませんから、参考程度にしてください。

まず勤め始めたのは恋人が病気になる前か後かという点ですが、私なら後ということにします。その方が主人公のジレンマが明確になるんじゃないかと思うからです。
主人公はそれまでもどこかに勤めていてそこそこの収入を得ていたのだけれど、それでは恋人の治療費が捻出できない。そこへ当の公害企業から破格の条件で誘われ、恋人のために苦渋の思いでそれを受けたことにします。
破格の条件で誘われた理由としては、主人公が女性なら企業上層部の誰かに想いを寄せられたという手が使えます。
そこで企業側のキャラクターを考える必要が出てきますが、経営トップ一人、それより下の管理職一人の二人設定しておくと色々できて面白いです。トップの方を冷徹な性格だけれど善人にし、下の管理職を分かりやすい悪役に使うんです。
トップの方が主人公に肩入れする理由としては恋愛感情もあり得ますが、それだと愛憎劇寄りになってしまうかもしれませんね（笑）。キャラのイメージもイケメンの青年実業家にするか、百合ということで女性実業家にしてみるかですが、ちょっと限定されてしまう気はします。てか、ハーレクインか少女マンガみたいです。
なので別案としてはトップを普通にジイサンとかにして、主人公の父親がかつての部下だったなど。主人公は父親からトップの人の良い方の人柄を聞かされていたことにすれば、それに一縷の望みを託して公害企業に勤めるという選択も印象が変わってくるのではないかと思います。

で、破格の条件にもどりますが、ジイサン・トップが主人公の事情をある程度知っていて援助しようとしたとしてもいいですし、もう一人の悪役管理職がそれこそ主人公に横恋慕したというのもあるかもしれません。
企業に勤めた主人公は最終的にはトップへの直訴を目指します。それが中々かなわない理由は、いくら多少のコネがあるとは言え企業規模が大きすぎてそう簡単には面会できないということでもいいですし、あるいはトップの人は重要な海外案件に関わっていて日本に居ないのかもしれません。
悪役管理職の方は公害を出している問題の工場の稼働に関連して、個人的な利益につながる不正行為をはたらいています。それが露見することを恐れて主人公の動きを妨害してくることにすれば、文庫本１冊くらいのストーリーの戦いとしては手ごろではないでしょうか？
ラストは悪役管理職が懲らしめられ、トップ氏は公害問題をすぐに抜本的に解決はできないまでも抑制への取り組みを始める約束をしてくれ、主人公と恋人はひとまず他の地方に移ります。移住についてはトップ氏の援助の申し出を辞退させてもいいかもしれません。ここでかつて勤めていた小さな会社が出てきて、援助するほどの資金力は無いのだけれど懇意にしている取引先でもあって、そこへの再就職を斡旋してくれるとか。こんな感じならハッピーエンドっぽいんじゃないですか？

まあ、あくまで纏め方の１例として適当に考えているだけなのですが、ストーリーは誰が敵なのか、誰が助けてくれるのかというキャラから作っていくと纏めやすいんじゃないかと思います。敵を作ったからには、その敵をギャフンと言わせれば話は終わるので簡単でしょう？