大野、追記

　サタンさんの意見を見て、「根本的には対AIモノって圧政に立ち向かうテンプレに近い何かの広い括りから流用できそうだな」と思ったので追加の作品推薦と、電子生命体コメディ周りで少し思い出したのと、趣味が合いそうなので安直にネタを投げようと思ったので追記コメです。

A：読まずとも内容は知っていると思うので、知ってる前提で話すのですが。『コメディを前提として、支配者と戦う話』というのは、本質的には『走れメロス』に帰結すると個人的には思います。
　何故かというと『メロスには政治はわからぬ』という言葉通り、物語が政治劇や純粋なSFサスペンスから離れる故に、『ラスボスの理屈を無視して戦い、ラスボスと反する理屈を持ってラスボスを倒す』ことに意味が出てくるからです。そしてついでに言えば、誰もコネと交渉術で王を引きずり下ろすメロスを好ましく思わないだろうからでもあります。そんな手段で戦ったうえで、故郷の妹やセリヌンティウスとの友情を語られても困りますしね。
　別の言い方をすれば、コメディ要素を少しでも入れたが最後『エンジニアが頑張ってAIを解体しました』なんてつまらないオチはできないという事でもあります。

　そして別側面で見ると、『ラスボスは最初で匂わせてあれば、最終段まで出てこなくてもどうにかなる』という事でもあります。
　走れメロスという作品が短く、かつ説話的な内容を含むことも一因ではありますが、メロスの物語においてラスボスたる王様が登場するのは最初と最後だけです。
　そしてまぁ、ご存じの通りラストシーンにおける王様は割とあっさり負けます。勿論、尺の都合もあるでしょうが、根本的な理由としてはそもそも『別にラスボスを倒すための物語ではない』という事が重要なのかなと思います。
　
　回りくどくなってしまいましたが、何が言いたいかというと『もし話をコメディに絞るのなら、ラスボスなんぞどうでも良い時もある』という話です。前のコメントと真っ向から矛盾するんですが、『コメディを軸に書きたい』という若宮さんの考えを思うとこれを書いておくべきだったと後悔しました。

　また、今申し上げた理屈に則ると『悪役令嬢転生モノ』のテンプレは結構使えるんじゃないかなとも思います。特に原作主人公が若干アレな性格しててザマアされる奴ですね。そういうジャンルは、ラブコメ比率が高くて本質的に若宮さんの好みではないので、読めとは言いませんが多分誰かがテンプレについてまとめてるんでその部分だけ参考にしてみてほしいです。
　なんでかというと、この手の作品は性質上『原作ヒロインへのザマア/破滅フラグ回避』という読者的にはサブ要素ながら主人公目線では物語の主軸となるバトル的な決着点があるポイント、その上で『ラブコメ（ここを若宮さんの作品ではコメディに置き換える）』という読者視点ではメイン要素ではありつつ主人公には重視されないポイント。
　また、総じてこのテのラブコメの『お相手枠』の男性が『女子向けラブコメ』のテンプレ的に一定のポンコツ要素・カタブツさを押し付けられているポイントなどが、トータルで若宮さんの作品構想にも被るかな、と思った次第です。

B：電子生命体関係の作品について。まず最推しの作品がこれに該当するのにうっかり布教し忘れてたんですが、『ヒマワリ-un Utopial World』という作品がありまして、これのラスボスが最高に自己進化型支配者系AIしてます。具体的には『既に一回人類滅ぼしてから、人類最後の希望として決行されたタイムトラベル作戦に相乗りして過去の人類滅ぼしに来たラスボス。ただし根本的には「人類を管理したいが、今の人類では管理に値しないので、管理に値する種をまず生み出そう」とか言う究極のサイコパス方向』。そして最終決戦は個人的に対AI戦の決着の一つの極致と思うのでぜひオススメしたい所。全八巻。
　一応、知らなくても読めるように書かれているんですが、これの作者さんがスターシステム的に過去作のキャラを登場させまくるので、アットウィキとかを漁りつつ読むこと推奨な作品です。無理にとは言えないなぁ……。

　あと、そういう認識じゃない人も多いと思うんですが、ドラえもんって本質的には『主人公がずるしようと利用する、相棒枠のポンコツ堅物AI』ですよね。どっかで無料試し読みとかあったらネタの参考に見てもいいかもしれません。
　
C：無責任なネタ投げ。なんか面白そうだなと思って思いついたことをつらつら書くんですが、こっから書くのは基本大野は著作権を放棄しますので好きに使って下さい。勿論、使わないならそれはそれでお気になさらず。

①自己進化型AIについて。AIの自己進化と生物的な進化って本質的に違うと思うんですよね。勘違いかも知れませんが、AIの自己進化って言うのは「理想的な結果・目的」を定義した上で収斂していくものじゃないですか？
　一方で、生物的な進化・成長っていうのは『場当たり的な対応策と、偶発的にできた突然変異（遺伝子や何らかの発明）への適応』の二種類を叩き台に、運用ノウハウの精製と適者生存の法則によって最も効率的な者・技術・形質が残る『結果的な進化・成長』が基本系な訳です。
　つまり、AIの進化は目的意識のズレ次第で脆く崩れる上、進化のシステムが『目的地に効率よく近づく』ことを前提とする都合で『余分な進化』が一切発生しない訳ですよね。そう考えると、『ガムシャラに進んだ際に発生した無駄な成長』になんか意味を見出したくなりません？
　ありきたりではありますが、『ここまでの歩みに、何一つ無駄は無かった！』的な（投げ）。

②相棒AIを完全に人外と位置付けるなら、ですけど。『人間にとって重要な違和感をAIが見逃してしまう』は愉悦方面に割と使えると思うんですよ。（先週見た仮面ライダーのパクリ）
　『冗談が通じない』『羞恥心をガン無視する』『誤解を招きかねない言動』とかをやっても良いんですが、それよりも負の方向の発散として『極悪非道なことをしていたヴィランが、実は子供の死が原因で狂気に堕ちていて、彼の研究所の一角には悲しい過去を示唆するアイテムがあるんだけど、そこを見つけたのがAIだった故に理解出来ず、主人公陣営には一切知らされない』という、ある程度善性を持つキャラなら同情するかもしれない状況に、あえて同情し得ない理由をかぶせる事による間接的ザマアとかやりたいんですよねぇ。（投げ）

③『道具であろうとするAI』と『人間に適応して進化しようとするAI』について。これはあくまで僕の思想なのですが、『人間を管理するAI』として進化しようとした場合『人間の価値判断基準である感情』に対しての学習と理解は避けられないと思うんですよ。理解して、利用しようとする。恐怖政治とか、プロパガンダとかもするでしょうね。そして、真に感情を理解できないからこそ人間の感情を過信してしまうんじゃないでしょうか。

　一方で、『道具であるAI』に固執する側は最後まで『計算しづらい乱数/不要な要素』と考え、それを排除しようとするはず。なにが言いたいかと言えば『人間に近付こうとしたラスボスを、土壇場で相棒たる”道具”を信用した主人公が”理論的に倒す”展開』はアリなんじゃないかという話です。
　具体例を言うと、ラジカルに感情を計算した場合『人質作戦』って無意味なんですよ。リスクと実行側の損得のみを考えると、『殺してもどうせ感情的になって突っ込んでくるし、そうなりかねない以上は”致命的な事態”になるまでは人質を殺せない』んです。圧倒的有利な状況とか、一瞬の隙を誘うためなら意味はあるんでしょうが、長期的には作戦の意味が薄いんですよね。
　だからこそ、人間の感情を過信したAIは『人質』に価値を見出すし、人間の感情を不合理と割り切れるAIは『向こうが被る不利益が変わらない以上、事態が悪化する前にサッサと突撃した方が良い』と言うんじゃないかな。
　主人公の相棒を道具として描き切るなら、こういう展開もアリかなぁと思って（投げ）