物語に触れる人が、非現実的な設定に納得しやすい内容、納得しにくい内容の違いはどこから出てくるかの返信

単に読者が納得できるか説得力があるかどうかってだけ。
その違いは何かという問いに対する答えになってないけど、例に挙げられたタイトルは二つとも未視聴なので具体的には解説できんで、すまぬ。

要するに、単純には三段論法が通ってるか、それが読者層に通じてるかって話。
例えば、
主人公は犯人に両親を殺された。主人公は憎しみを持っている。だから主人公は犯人を追い詰めて殺した。
これは簡単な三段論法だから間の「主人公は憎しみを持っている」は省略しても読者に伝わる。けど省略すると、「とはいえ平和な日本で復讐心だけで人を殺せるか？」って疑問が生まれたりもする。つまり省略すると説得力が欠けてくる。「憎しみを持っている」の描写で「人を殺す覚悟が出来るほどの憎しみであり、それだけ凄惨な現場と辛い過去だった」という印象を持たせないと説得力がない。
また、どれだけ印象を付けたところで、そもそも「憎しみ」と「殺人動機」が結びつかない読者にはこれが伝わらない。例えばそういう感情の動きを理解できない幼児とか達観した老人とかね。
そういう読者層の場合は、「はんにん は とてもわるいやつ！」っていう補足が必要だし、「憎しみを持っても殺人までの覚悟は持てない主人公だったが、犯人を殺さねばならない別の事情もあった」とか別角度からの補強とかが必要になってくる。
それと、そもそもの話。
作風によって設定がごちゃついてて説明こそあるけどこういう三段論法の部分が読者に伝わりにくい展開や構造になっていた、ということもある。

前述した通り シンカリオンCW は未視聴だけど、調べてみた感じ、たぶん、「使用されなくなった電子データが意思を持ってモンスター化する」というファンタジーな設定と「中高生の人間関係のギクシャクを描いたり、事故を隠蔽する大人がよく出てきたりする」という現実的な作風のギャップを埋めることが不完全だったんじゃないかな。
設定は低年齢向けなのに展開はやや大人向けって感じだから、そりゃ、例えばミニ四駆のアニメにプロのF1レーサーが出てくるなら「子供向けに設定したプロレーサー」にするか「ガチの専門用語使っても違和感ない補足・補強を追加する」かしないと違和感しかないよね。って感じかなと。
ようは「ミニ四駆の大会」っていう前提に対して過程を省略して「プロのF1レーサー」ってなったら、三段論法的に通ってないから違和感が出る。
まあ、そもそも「ミニ四駆の大会に出る趣味人のF1レーサー」っていう前提にしちゃえば「そういう世界観・人物像」になるし補足次第で無理筋でもないから、おそらく実際にミニ四駆のアニメや漫画でレーサーが出てきたことあるだろうけども。
極論で言えば、呪怨とか貞子とかの本格JホラーにオバQが出てる感じ？　でもこのオバQの衣装をボロボロにして廃墟に置いとけば、忘れ去られたマスコットとして哀愁もあるしホラーのちょっとしたコメディの一幕としてアリじゃないかな。
本格ホラーにオバQや鬼太郎を出すのは難しいけど、本格ホラーに 見える子ちゃん のお化けを出すのは難しくない。
そう離れてないから三段論法でまとめやすいためだね。

なので、『ドラモン』でOKだったけど『シンカリオンCW』で違和感があった理由はドラえもんには要素間にギャップがなく三段論法を省略しても通じてたくらいだけど、シンカリオンにはギャップの溝が深く三段論法でも更に補足が必要なほどで伝わらない人もいた。って感じだから、
＞リアル寄りな作風だったからでしょうか？
というスレ主さんの感じた印象は、結論としてはそうだと思う。再三、私は未視聴だけどね。