魂を空に上げる力への探求の軌跡

繰り返しますが、物語の本筋を明確に意識することが大切です。
で、そのためには、テーマがあるならそこから逆算するという方法もあります。セントラル・クエスチョンは、主人公がその本筋を正しくたどるための道しるべと考えてください。

＞テーマの提示：大切な人が死んでも、一緒に生きてほしい（「パパはお星様になってママと私を見守ってくれているよ」となぐさめることで提示）

これがテーマなら「ヴィランを倒す」はあまり関係ないので、セントラル・クエスチョンにはなり得ません。また、「母を取り戻す」も少し微妙です。なぜなら、母は実は生きていたことが後で明かされるわけですから、「死んでも一緒に生きてほしい」ということとそぐわないからです。
そう考えるとやはり、

＞婚約者を名乗る月兎族の賢人が現れ、 悪霊化する幽霊の霊魂を夜空に上げる月の神になれるのは夜白しかいないと言われる。

こちらの方がテーマに近いと思うんですね。

それを踏まえて、「母が失踪し、ヴィランがやってきた」ということがインサイティング・インシデントになるかと考えると、これはなると思います。
「母の失踪」はきわめてドラマティックな出来事。そこに母の友人と名乗る女がやってきて家に居座ってしまうというのは、その女と母をめぐって何か大きな秘密があるのだろうと読者に想像させるに十分です。それは読者を引き込む牽引力になり得ますから、この秘密そのものがセントラル・クエスチョンになると思うんですよ。

で、

＞婚約者を名乗る月兎族の賢人が現れ、 悪霊化する幽霊の霊魂を夜空に上げる月の神になれるのは夜白しかいないと言われる。

この婚約者を名乗る月兎族の賢人は暗中模索状態の主人公を助けるメンターとしてうってつけですし、もちろん素直に恋人役でもかまいません。
悪霊化した霊魂を夜空に上げるのは、冒頭の「パパはお星様になってママと私を見守ってくれているよ」にも繋がり、おそらく物語のクライマックスでもこれに係わる大きなイベントがあるのでしょうから、ストーリーの全体を通しての中心軸になりそうです。

よって。

セントラル・クエスチョンは「ヴィランを倒す」でも「母を取り戻す」でもなく、霊魂を夜空に上げる月兎族の秘密に主人公が近づく探求の軌跡そのものであるべきで、「ヴィランを倒す」「母を取り戻す」「亡き父への想いを昇華する」などは、それに後からついてくる結果ということになるのではないかと。