設定の細部は決めてから？ それとも書きながら追加？の返信

挙げられた選択肢の中から選ぶとすると、①かなと思います。

まず②の「一旦止まって必要な情報を追加しなおし、次に行く」ですが、
おそらく人によるとは思いますが、これって一見して情報を整理してるように見えますが、一度決めた設定を変更するないし後から追加するというのは非常に危うい行為で、整理してるどころか混沌とする行為です。
今現在「こういう設定を追加しなおせば綺麗にまとまるな」と思ったとしても、少し書いて、いまのスレ主さんのように「いろいろな箇所が気になりだして手がつかなくなった……」となり、そして「また情報を整理して追加しよう」となり、そしてその時は「綺麗にまとまる」と思ったとしても、少しして……
と、このようなドツボにはまります。
偉そうなことを言えば、まあ通過儀礼みたいなもんだからこんな風に困ったとき設定追加とか整理（という名の混沌）しようとするのはマズいと肌で感じるのも良いかもしれません。

次の③の「細部まで詰めてから再スタート」ですが、悪くない案だと思います。
この「再スタート」ってのは１から書き直すという意味ですよね？
一度書いて不足な部分がなんとなくわかったと思うので、そこを詰めてやりなおすというのはトライアンドエラーですが基本だと思います。
しかしながら、残念なことに「どこまで詰めれば？」というのは人によりけり。
少なくともスレ主さんの場合は今回のプロット分の詰め方では足りなかった、というのがわかった、それが収穫だと思ってまたトライアンドエラーです。

参考までに、
私の場合は物語を単純化させてから設定を詰めていきます。
つまり、どんな物語を書こうかとあれこれ考えて、最終的に
「主人公は突然に能力を得る」「ヒロインと出会い、敵の存在を知る」「能力はとても危険なもので、主人公は恐ろしくなる」「敵と戦い勝利する」「主人公は能力を失い、元の生活に戻る」
と、こんな感じで５つの要素に分けて単純化させます。
で。
物語に必要な設定というのは、この単純化させた要素の中に出てくるワードのみで、それ以上の事は基本的に「なんでもいい」ので、辻褄さえ合えば適当でも問題ないと思っています。
なにしろ、単純化させた要素の中に出てくるワードさえ読者が理解できれば物語は伝わるし、むしろココで出てこないワードについて書きすぎると、それは「本筋から外れてる」って事なので、この要素に無いワードはサラッと流すべき設定なわけです。
なので、このプロットの場合は「主人公」「ヒロイン」「能力」「敵」そのくらいですね。
そこから例えば「主人公」なら「主人公をどこまで詰めて考えるか」って事になると思いますが、これはもう好みだと思う。私はあんまり詰めない。名前、性格、特徴、そんなもん。
「能力」についても、「能力について」と「主人公が持ってる能力について」でそれぞれ「こういうもの！」と一言で片付けられるくらいにシンプルに設定します。
あとは、何気に困るのが名称で、こればっかりは知識量がないと咄嗟に適当に名付ける事が難しいので、慣れないうちは「敵の名前は元素の名前で統一」といった感じでルールを設けてしまうとやりやすいです。
まあ、物語に出さない設定まで細かく考えることで世界観を具体的にイメージできるって人もいるし、それを否定するものではないので、これはあくまで私の場合。

少なくとも１章を書いて、いま、以前よりも「その物語に何が必要か」というのがやや具体的になってわかってきているんじゃないかなと思います。
それだけで収穫は十分すぎるほどあるので、そしてそれは確実に次のプロットに活かせるので、ここで一から作り直すというのも悪くない案だと思います。

でもねぇ。
ぶっちゃけ、書いちゃったモンをそのままゴミ箱に捨てるのって勿体ないと感じてしまうし、苦労が無駄になる気がするし、なんとか活かしたいって思うのが人情で、更に、同じ話をまた１から書くのかよって思うとちょっとウンザリするんじゃないかな。
書き慣れれば序盤くらいまるごと書き直すのも苦じゃないけども。
なので、案は出してもおそらく②は選択しにくいと思う。
なら①かな、という答え。

②の回答でも書いたけど、「本筋に関係する設定」以外は辻褄さえあえば問題ないので、執筆中は割と適当。
書き終わった後に読み返して、詳しく書いたほうがいい場所は補足するし、設定が噛み合わない箇所は変更する。
これは「本筋に関係ない設定」なので、物語の本筋からは独立していて、関連してるように見えても割と自由に変更がきいて、どうにでもなったりします。
まあ、言葉が変わると以降全部書き直さなきゃいけないんで面倒ではありますが。
そんなわけで、結局「当初の予定通り書いてから辻褄合わせをする」という事はやってるし、それで書けるので、そういう選択肢があるなら別に作り直す必要もないかな、と。

これはごくごく個人的な意見というか信条のようなものだけど、
ぶっちゃけ、物語の中で作者は神みたいなもんだから、やろうと思えばなんでも出来るんだよね。
矛盾ある設定だって、「その設定が有効になる展開」を用意すりゃ問題ないじゃん？
それが用意できるかどうかは別として。
できるかどうか、やれるかどうか、やりたいと思えるか思えないか、って話であって、やろうと思えばどーにだって出来るんだよね。
ご都合主義も「それじゃ面白くない・納得できないからやりたくない」というだけなんだからさ。
てことは、たとえ無理な展開であっても「ソレが自然なように見える」という辻褄合わせのスキルってのは意外と重要で、これは意識的に訓練したほうがいいと思うんだ。
ほんで、こういう辻褄合わせってのは「後々こういう展開にするから……」と考えて先手を打つよりも、「既に出来上がったモノに後から手を加える」ほうが圧倒的に楽だから、①の「予定どおりに書く」という選択が一番いいんじゃないかと思う。
次点で②の「再スタート」。
でもこれは、おそらくやってみりゃわかると思うけど、既に書いた１章は確実に前回より上手く出来る。流れが具体的に把握できてるから。でも、それ以降は今現在と同じような不安を抱えることになると思う。
なにしろ、一章は書いてみて「決めなきゃいけな事」がかなり明確になってるでしょう？　でも二章以降は、一章の経験を参考にした曖昧な把握で、物語全体と考えると「どこまで決めれば……」と悩むくらいに靄がかってる。
本当は、プロット時点でこの「具体的な把握」が出来てりゃいいんだけど、そう簡単に感覚はつかめないと思うので、
長ったらしく書いたけど、人それぞれ、自分の「ここまで詰める」という感覚を長い目で育てれば良いのではないかなと思います。

ちなみに、私の場合は出たとこ勝負で書いて、あれこれ決めなきゃいけない設定やらを思い知って、かなり詳しく決めてから書いたんだけどそれが一切完成しなくて、試行錯誤のうえに「大事なとこだけ決める」という事に行き着きました。
それからは「自分にとっての大事なとこはどこか」という事の把握に努めました。
もともとはすっごい設定魔でむちゃくちゃ細かく決めるタイプの人です。なので、「どこまで詰める」は本当に試行錯誤。自分に合わないと思うこともやってみるといいと思う。