まず考えておくべきは、現実の命名とフィクションでの命名はきっちり分けて考えるべきだろうということです。フィクションでも、音声で呼ばれるのが主の映像作品と、書き文字で表す文章作品（コミックの台詞等も含む）でも、ある程度は違ってきます。
１．現実のキラキラネームの問題点
現実でのキラキラネーム（どうやら下火傾向で幸いですが）に対する批判はいろいろ聞きます。分かりやすく簡潔なものですと、林修さん、通称 林先生が「初耳学」で披露したものがあります。要は「固有名詞は文字列として無意味にして、ある特定の1つのもの、あるいは1人の人を指し示す機能がある」ゆえに「書き文字で読めないような固有名詞は不可」というもの。
例えば名刺出しても、読めなかったら呼びかけてでもらえないですよね。フリガナ欄のない申込用紙などでも同じ。覚えてもらえるかどうかでは、普通は例えば「一朗」と書いたら、「いちろう」という読みとセットで人の名前として覚えますよね。読み抜きで「一朗」という文字画像で記憶することはない。やろうとしても極めて難しい（が、あえて画像記憶するメリットあったりするけど割愛）。
使用漢字でもひどい事例があるそうで、「腥」が「月と星で綺麗」とか思って名前に使ったりするらしい（読みは忘れました、無関係な読みだった気がします）。ひどい話です。「腥い」（なまぐさい）で「生臭い」の異表記なんですから。
林先生の解説では、普通の名前でいいじゃないか、という例でイチロー選手をあげていました。本名が鈴木一朗で、そのまんまイチローという名前にしている、個性は本人によるもので名前で出してはいない、それで多くの人に受け入れられている、という説明でした。漢字名との対応もついてますね。
２．フィクションとリアルでの名前の意味の違い
そこは分かるんですが、違う側面もあるように思います。わざわざカタカナの「イチロー」にしている点、「おや？」と引っ掛かるものがあります。だからこそですが、一度で覚えてもらう効果が出ているようです。
フィクション、特に文章作品での人名を考えてみます。名前から入ることが多いですよね。冒頭などでは例外的に、主人公や重要人物は名前を伏せておいて、「銃を撃った謎の男」「鏡から現れた正体不明の女」みたいにすることはありますが、誰もかれもそうするわけにはいきません。名前、ないしは特徴から来るあだ名になるキャラのほうが圧倒的に多い。謎の人物とて、登場シーンを重ねると名前なしでは読者も覚えにくくて困る。
その際、覚えてもらいたいレギュラーキャラなのか、忘れていいモブキャラなのかが問題になります。覚えてもらいたいレギュラーキャラですと、キャラを登場させる頻度で2通りに分かれるように思います。
A：主人公などで常に出ているか、頻繁にシーンに登場するキャラの場合
特別な名前、印象に残るあだ名等は不要でしょう。地の文に何度も書かれ、他のキャラから何度も呼ばれるわけですから、自然と覚えます。
B：大事なんだけどときどきしか登場しないキャラ
名前に特徴があるべきです。例えば、序盤で大事なメッセンジャーとして登場し、しばらく出て来ず、終盤に重要キャラとして再登場するとします。そのキャラ名が「田中一郎」だったら、たぶん読者は覚えてないでしょう。
かといって、読めないキラキラネームでも困ります。名前自体が覚えにくいですから。読めるけど、ユニークでちょっと引っ掛かるような名前だと、思い出してもらいやすくなります。
C：モブキャラ
できれば名前を作中では出さず、出さないといけない場合でもありきたりで印象に残らない名前がいい。再登場しても覚えてないくらいでちょうどいい。
３．「とある」での参考事例
この辺り、「とある魔術の禁書目録」は登場キャラが増えに増えまして、参考になるものがあります（もっとも、「とある」流の命名であり、真似したらOKというものではない）。
主人公は「上条当麻」で、「上条」はよくある名前（ちょっと難読の「上條」にすらしてないことから、奇をてらわない意図と思える）。「当麻」は地名にはありますが（ただし読みは「たいま/たえま」）、人名にはあまり使わないかもしれません。それでも特に印象に残るとは言えない。ですが、主人公ですから頻繁に名前が出て来まして、自然と覚えます。名前自体にに強い印象を必要としていない。
一方通行（アクセラレーター）ですと、本名は未だに明かされていませんね。能力名でありあだ名でもある漢字名と、読みが大きく異なりまして、キラキラネームの一種かもしれません。読みがあまり重視されない傾向があるようで、略して「一通」などと呼んでいるケースもネットなどで目にします。どのみち、登場回数が多いですから名前に関わらず覚えてもらえるキャラです。
「垣根帝督」（かきね・ていとく）になりますと、「垣根」はいいとして、「帝督」ってなんだろうと引っ掛かります。現実にはいそうもない名前です。同音語の「提督」と似ていて、しかし「提」を「帝」に変えてある。意味を感じられそうで、しかし分からない。こういう「あれ？」感を引き起こす名前は、出てこないときは思い出しにくいかもしれませんが、再登場すると思い出しやすいように思います。引っかかるのも興味の一種だからでしょう。他にも「浜面仕上」（はまづら・しあげ）とか「削板軍覇」（そぎいた・ぐんは）とか、類例が数多です。
４．フィクションでのキャラ名の機能
そういうキャラ名では、現実にいたら名前で弄られるかもしれません。ですがフィクションのキャラです。仮にファンが面白がったとしても、誰も傷つかない。作中でネタにされるかどうかは作者が決められる。フィクションなら「このキャラは覚えてもうべきか」→「覚えてもらうにはどうするか」さえ押さえておけば、名前は自由自在です。
そのためには、繰り返しですが、作中に頻出のキャラ、登場頻度の低い重要キャラ、モブキャラ等で、名前の独特さを使い分ければいいわけです。ただし、漢字名を見たら読めるようにすべきですし、1字ずつの漢字の意味を間違わないのは、現実でのキラキラネーム問題と同じです。
人名以外ですと、「とある」の能力名のように、読みを覚えていないと読めない命名は、慎重にすべきでしょう。例えば、カタカナ英語の読みで、漢字名と機能的に連想が効くようにしておくとか何らかの配慮がないと、作品を読むにはまず暗記、なんて事態になりかねません。
（「とある」由来だと思うんですが、漢字名に無目的に無関係の読みをやたら持たせるケースが少なくないように思う。たいてい、何のメリットも出せてない。）
が『新時代』を切り開くかもしれません！